引起婴儿入睡摇头晃脑的原因有很多种：
一是头痒，有个风俗是婴儿满月之前没有为婴儿洗发，使头发变得脏乱，若大量流汗，则可使头皮痒得难受，婴儿不表达，只靠摆头减轻痒状；
二是婴儿头湿疹，由于大量流汗或者穿厚厚的衣物，使湿疹发作，还会痒得很厉害，靠头前后磨蹭才能达到搔痒效果；
三是钙、维生素D不足可使婴儿大量流汗，头皮痒得厉害，使婴儿爱往返摩擦。
三个月宝宝睡觉摇头，我们要分析是生理性的还是病理性的。生理性的摇头，一般是在孩子快要入睡的时候出现，完全睡着之后就会消失，这种现象一般在六个月之前的孩子可能会有，这是正常的生理现象。也有一部分孩子睡觉摇头，是由于缺乏维生素D或钙元素造成的，就属于病理性的原因，一般在及时补充维生素D或钙元素后就可逐渐改善。
孩子晚上睡觉摇头，首先要排除孩子的神经系统发育不良的可能，这个需要到医院儿科给孩子进行全身的体检，以及肢体功能的肌张力检查。如果孩子伴随肌张力、肌力异常的话，多考虑有神经系统发育问题，需要进一步进行头颅磁共振的检查，明确病情。另外，孩子如果是缺钙的话，也可能会引起，在医院检查微量元素就可以明确诊断，诊断明确后对症治疗。
三个月的宝宝睡觉摇头是由于缺乏维生素D引起的。也就是佝偻病的症状。通常足月儿在宝宝出生后15天就需要补充维生素D，早产儿需要出生就补充维生素D，母乳中含有维生素d比较少。
如果宝宝平时颜面和躯干某些部位有湿疹存在，这时高度提示家长，一定要注意宝宝是否有耳道湿疹。当耳道湿疹明显时，可以有外耳道的异常分泌物存在，或者家长在宝宝摇头时，试探用棉签或家长的小手指在宝宝耳道的位置轻轻转一转，观察宝宝是否很配合的停下来。如果能够停下来，提示应该是耳朵的问题，这时可以请耳鼻喉科的医生具体诊治一下。
一般情况下，五个月宝宝睡觉摇头可能是头部湿疹、缺钙等原因导致的。具体内容如下：
1.头部湿疹：如果家长没有注意五个月宝宝的头部清洁卫生护理，可能会导致宝宝长头部湿疹，从而局部瘙痒，出现五个月宝宝睡觉摇头的情况。
2.缺钙：如果五个月宝宝存在缺钙的情况，容易导致出汗增多，睡觉不舒服，为了缓解这种不适感受，可能会出现宝宝睡觉摇头的情况。