引起母乳生理性腹泻的原因有：
1.母乳中含有大量的前列腺素，这种激素可以促进儿童小肠平滑肌的运动，增加水分和电解质，造成大便稀；一日两次
2.由于小儿乳糖不耐症，小儿由于乳糖酶不足，对乳糖的耐受性较差，容易造成腹泻。
另外，还会出现由母乳导致的生理性腹泻，多数儿童的外表看起来比较胖，可能会出现轻微的湿疹，宝宝的大便次数会增加，但是不会影响到宝。
婴儿生理性腹泻，多见于六个月以下的宝宝，出生后不久就开始腹泻，除了大便次数多以外，无其他症状，宝宝食欲良好，发育正常，外观虚胖，待孩子添加辅食后，大便渐渐转为正常，生理性腹泻不用药物治疗，注意护理就可以了，宝宝大便次数多，所以要勤换尿不湿，用温水洗臀部，保持臀部和会阴部皮肤干净，预防局部感染的发生。
生理性腹泻的原因是由于母乳内所含的某种营养成分，如蛋白质或脂肪，超过婴儿的需要，超过婴儿的消化吸收功能，而婴儿的消化能力发育健全，所引起的腹泻。此阶段的孩子常常会出现大便次数偏多，质地也比较偏稀，但是孩子的精神状态比较好，吃东西也正常且玩耍照旧。
宝宝生理性腹泻可通过以下方式进行处理。
儿童乳糖不耐受、受凉或进食过多可能会引起宝宝生理性腹泻，如果宝宝的症状较轻，则建议适当补充锌剂、微量元素；如果宝宝症状比较严重，建议家长在医生的指导下给患儿服用一些胃肠黏膜保护剂或调节肠道菌群的药物进行治疗。
注意病情好转后家长也不能放松警惕，要注意早晨起床后，及时打开窗户，呼吸室外新鲜空气，同时保持室内空气流通。
宝宝生理性腹泻1-3个月左右能好。
生理性腹泻以6个月内婴儿多见，外表虚胖，常伴湿疹并在出生后很快发生腹泻，除了大便次数的增加，未见其异常症状，食欲良好，对它的生长发育没有影响，通常1-3个月左右能好。如果是感染性疾病引起的腹泻，可表现为发热、腹痛和呕吐等症。
此外，腹泻症状渐渐改善，可给予婴儿口服益生菌，以调整胃肠功能。
