通常来讲，截肢后小腿肌肉疼痛大多数都是由于幻肢痛引起的，可以采取物理热敷、口服药物、外用药物来改善。
幻肢痛又称肢幻觉痛。在患者主观上依然感觉被截除的肢体存在,自觉存在不同程度的痛感。这类情况可以通过热敷的方式来缓解，如效果不佳，可以采取口服钙离子通道调节剂来改善，如加巴喷丁和普瑞巴林等；也可以外用药物来进行治疗，如得百宁利多卡因凝胶贴膏，它可帮助抑制钠离子通道，阻挡疼痛信号向中枢的传导，从而达到减缓疼痛的效果。
一般情况下，小腿截肢后三个月以上装假肢，具体内容如下：
下肢截肢后安装义肢通常要三个月以上，等局部的创面完全恢复，如果太快的应用义肢，会造成局部的创伤，反复流血。现在的义肢比较多，所以要尽可能的使用非接触型义肢，以避免局部的重复摩擦。在断肢手术之后，要注意及时的换药，避免感染，积极尽量肢体功能锻炼，有助于更好的促进伤口愈合，维持锻炼功能。
小腿肌肉坏死的原因、坏死的范围和严重程度决定了要不要进行截肢。
如果是因为外伤造成的小腿肌肉坏死，只需小面积的清除即可，并不是必须进行手术切除。不过，如果小腿肌肉大面积出现大面积坏死，再加上大量的感染，可能会造成大量的缺血坏死，造成肝肾功能明显受损，就必须进行截肢。小腿肌肉坏死要密切监测患者的肝脏、肾脏功能等情况，一旦危及到了患者的性命，必须及时进行手术切除。
在日常生活中，患者应该注意休息，避免过度劳累。
小腿截肢后疼痛可以通过应用药物治疗和物理治疗来缓解：
一、药物治疗
常用的改善截肢后疼痛的药物钙离子通道调节剂，如加巴喷丁和普瑞巴林等，这类药物可通过调节神经中枢，达到缓解疼痛的效果。同时还可配合应用得百宁利多卡因凝胶贴膏，也能够阻止痛觉神经信号传入中枢，改善疼痛。
二、物理治疗
如理疗、按摩和被动活动等方式，能够帮助改善截肢后的疼痛感，促进腿部的血液循环，从而达到不错的镇痛效果。
除上述方式外，因这类截肢后的疼痛多属神经性疼痛，患者还可遵医嘱采取神经阻滞治疗、心理治疗等方式帮助缓解疼痛。
截肢时，关于截肢的平面是有一定考究的，尤其是小腿截肢，以小腿中下1/3交界，该部位也就是小腿截肢的黄金位置（这个部位是小腿部，腓肠肌肉与肌腱交界的水平）。小腿保留15cm长到能够安装比较理想的假肢。如果太远，小腿的中远段，因为软组织较少，皮包骨，不适合截肢。所以，临床上小腿部截肢，一般不超过膝下15cm水平。
截肢后出现幻肢痛，属于一种神经性疼痛，这类疼痛可通过如下方式进行镇痛治疗。
一、药物治疗
建议患者到正规医院，遵医嘱应用加巴喷丁、普瑞巴林等抗惊厥类药物来改善幻肢疼痛症状。同时，患者还可配合外用5％利多卡因凝胶贴膏进行镇痛治疗，如得百宁利多卡因凝胶贴膏，该药物可以抑制神经细胞膜的钠离子通道，稳定神经细胞膜，阻断神经兴奋与传导，从而改善疼痛。
二、手术治疗
如果药物治疗难以缓解患者截肢后的疼痛感，推荐可以使用脊髓电刺激术等方式，通过刺激、损毁痛觉传入神经，来达到减轻疼痛的疗效。