一般情况下，在月经期间如果不存在痛经的现象，这时候做肠镜不会有太大的影响。
女性的月经期做肠镜也没有不良影响。这是因为做肠镜是直接通过肛门进入肠道内检查，不会影响卵巢内分泌功能，也不会影响子宫内膜的脱落。但是如果女性在月经期间经常出现痛经的现象，并且痛经的情况比较严重，比如小腹疼痛剧烈，或者是腰部酸痛难忍等，这种情况做肠镜时，因为精神紧张可能会加重痛经的症状。
通常来说，月经期间偶尔同房一次要紧。
月经期间患者的身体一般比较虚弱，而且生殖器处于开放的状态，如果月经期间偶尔同房一次，不仅可能会引起月经异常，比如月经量增多或者减少、月经周期延长、腹部疼痛等，还可能会导致出现继发细菌感染或者造成内分泌紊乱。总之，月经期间本身免疫力低下，不建议同房，还需要注意经期保暖，可以多喝点姜糖水，可以起到舒筋活血、改善微循环的作用。
经血出现鲜红的情况，可能是用药影响了月经，也可能是妇科疾病造成的异常出血，是不正常的。正常的月经血特点是不凝固呈暗红色，月经血中除血液外，还有子宫内膜脱落的碎片，子宫颈黏液及阴道上皮细胞等。
经期头痛很大原因与体质有关，女性身体虚一旦失血过多，营养不良等，就会伴有头痛的。精神疲乏、缺少运动、睡眠不足，甚至还有些女性，因为减肥长时间不吃东西。这些不好的生活习惯，都可能会导致内分泌紊乱，造成经期头痛。
经期要禁止性生活，性生活可能造成感染，也可能造成出血量增多。女性经期不能吃寒凉的食物，不可触碰凉水，以免寒邪侵入子宫，造成经血瘀滞进而导致痛经的发生。经期不可饮酒，酒精有活血促进子宫收缩的作用，饮酒可造成经血增多。
来月经期间是不可以做肠镜的，有出血的状况下进行检查会影响结果的准确性。而且月经期间检查也不太方便，建议月经干净后三到五天在进行肠镜检查，月经期间要注意补充营养，多注意休息。肠镜前一天要选择流质食物，前六到八小时禁食禁水，以免对结果造成影响。