通常情况下，如果是单纯型霉菌性阴道炎，可以选择咪康唑栓剂、克霉唑栓剂、制霉菌素栓剂等栓剂，其中克霉唑栓、硝呋太尔制霉菌素栓剂是最有效的栓剂。如果是慢性真菌性阴道炎，单用阴道外用药物治疗，效果并不是很好，一般可以服用氟康唑，也可以是伊曲康唑。霉菌性阴道炎是反复发生的，要想完全治疗，首先要找到病因，排除病因。
霉菌性阴炎一般指外阴阴道假丝念珠菌病。由于个人体质不同，所以一般没有外阴阴道假丝念珠菌病用什么药最好的说法。外阴阴道假丝念珠菌病是外阴感染假丝念珠菌导致的，此时一般可以在医生的指导下使用制霉菌素片、氟康唑片、硝酸咪康唑栓等药物进行治疗。同时在外阴阴道假丝念珠菌病的治疗期间，应尽量避免同房，以免交叉感染。
霉菌性阴道炎属于真菌感染，为白带呈豆渣样改变，伴有瘙痒，红肿，溃疡等症状。经期发作还可能导致尿急、尿痛的症状。通常情况下，霉菌性阴炎临床上常使用氟康唑药物进行治疗，效果一般是比较好的。在哺乳期的女性，也可以选择局部用药使用双唑泰栓，然后放入阴道内治疗。
治疗期间可以夫妻双方同时用药，以免性生活后再次感染。
只要确诊是霉菌性阴道炎，可以用抗菌的阴道塞药栓剂要连续用7天，可以用消炎抗菌洗液洗阴道。一定要注意阴道卫生，勤换内裤，穿纯棉制的，化验白带常规，因为阴道炎分为三种，有滴虫性，细菌性和霉菌性的检查清楚，再对症用药。
对于患有霉菌性阴道炎的人来说，治疗霉菌性阴道炎主要采用有效的抗霉菌药物，局部用药，全身用药，同时可以采用改变阴道酸碱度，提高自身抗病能力，做好个人卫生等措施，一般是可以恢复的。治疗期间是要禁止性生活的。
得了霉菌性阴道炎，用治疗霉菌的药物效果都是可以的，最常用的、效果最好的、疗程最短的药物就是克霉唑阴道片。这种药物用500mg1片的制剂，每次用1片就是一个疗程，一般一个疗程就能好，对于比较严重的用2片也能够完全治愈。