治疗幽门螺旋杆菌的药物会引起肠胃不适、肠道菌群失衡、白细胞下降、便秘等副作用。
幽门螺旋杆菌在治疗上是以抗生素药物为主，抗生素在使用时会引起肠胃方面的反应，不少人会出现胃部不适、消化不良等副作用。由于抗生素在杀灭有害细菌的同时还会将身体中的有益菌同时灭掉，长期使用药物都会伴有肠道菌群失衡导致出现肠道方面的症状，比如腹泻、便秘。抑酸药物在长期使用后会导致白细胞下降，对身体免疫力造成一定的影响。
建议去医院的消化科进行检查。治疗过程中戒酒，日常注意清淡饮食，调整饮食结构，多吃粗粮粗纤维食物，避免进食的食物过于油腻、辛辣、生冷等。
四联疗法是治疗幽门螺旋杆菌的首选药物，其不良反应包括白细胞下降、低磷低镁血症、消化道息肉等。铋剂有便秘、大便颜色发黑等不良反应。出现胃肠道反应、菌群紊乱等不良反应是导致抗生素的不良反应。在使用抗幽门螺杆菌的过程中，要多吃些清淡的食物，尽量不要吃辛辣、生冷、油腻的东西，适当的吃些有益的东西，这样可以提高药效，降低对抗生素的耐药性。
治疗幽门螺旋杆菌的药，一般采用三联法或四联法根除治疗，即阿莫西林+克拉霉素+奥美拉唑，或阿莫西林+奥美拉唑+甲硝唑。四联法是以三联法制备胃粘膜保护剂，例如磷酸铝凝胶等。但是这种细菌很有可能会复发，如果有胃炎或者十二指肠溃疡，就不能再用了，这会导致HP反复感染，从而导致胃粘膜损伤，导致胃癌。平时要多喝热水，多吃新鲜的蔬菜和水果，不要吃辛辣刺激的食物，不要暴饮暴食。
通常情况下，如果只是轻微的感染，而且没有消化道的症状，可以不治疗，只要进行简单的生活习惯调整就可以了，但是要定期复查。
如果出现了明显的胃肠道症状，比如腹胀、腹痛、长期难治性溃疡、有胃癌家族史的患者，就需要进行手术。这种病菌会对胃肠道造成很大的伤害，让这种病菌继续滋生，会加重溃疡，甚至有可能引发胃癌。
幽门螺杆菌感染与慢性胃炎、消化性溃疡和胃癌的发病密切相关。
幽门螺旋杆菌常寄生在胃黏膜组织中，感染后主要引起慢性胃炎和消化性溃疡等疾病，与胃癌、胃黏膜相关淋巴组织（MALT）淋巴瘤等疾病有密切的关系，被世界卫生组织（WHO）列为第一类生物致癌因子。在根除治疗中，患者务必遵医嘱进行规律服药，即使胃部症状有所好转，也要坚持服药，直至将幽门螺杆菌根除，以免出现幽门螺杆菌耐药株。
建议:幽门螺杆菌存在于人体的消化道之中，应养成良好的卫生习惯，预防感染和传染。已感染者需积极治疗，定期体检和复查等，避免传染其他人。同时日常还应纠正不良饮食习惯，保持愉快心情。
常情况下，没有中医治疗幽门螺旋杆菌有什么特效药这一说法，幽门螺杆菌一般可以寄生在胃黏膜组织中，患者感染后可能会出现腹胀、嗳气、厌食、反酸、烧心等胃肠道不适，
临床医生常用四联方案进行根除幽门螺杆菌治疗，1种质子泵抑制剂+1种铋剂+2种抗生素，建议患者应及时到医院进行诊治，可以按照医嘱使用奥美拉唑肠溶胶囊、兰索拉唑肠溶片、枸橼酸铋钾颗粒、头孢拉定胶囊、盐酸左氧氟沙星片等药物进行治疗。