喝酵素拉肚子可能是饮用量过大、肠道菌群失调症等原因导致的。
酵素具有润肠通便的功效，有助于促进肠道的蠕动，加快粪便排出，如果长期过量喝酵素，可能会导致拉肚子，这种情况比较正常。
肠道菌群按一定的比例组合，各菌间互相制约、互相依存，如果肠道菌群的正常生理组合被破坏，可能会产生病理性组合、引起临床症状，即肠道菌群失调症，主要表现为腹泻、腹胀、腹痛、腹部不适等，如果患有此种疾病，也可能会导致拉肚子。
喝酵素拉肚子通常不正常。
如果是因为酵母中的粗纤维导致了胃肠的蠕动，那么就会导致拉肚子。平时在喝酵素的情况下，一日一至两次的大便次数多了，可以适当的降低使用剂量，也可以暂时停药，观察一段时间。酵素和食品之间要有一定的间隔。平时要注意饮食方面要注意清淡，不能吃得太饱，也要注意节食。别睡得太晚，别喝酒，别抽烟。
喝酵素拉肚子的原因有肠胃的机能不良、肠胃系统功能紊乱等。
酵素具有调节肠道的功效，平时可以通过吃酵素来调节便秘的情况。喝酵素拉肚子，这是由于肠胃的机能不良造成的，或者喝酵素引起了肠胃系统功能紊乱，会导致肠道粘膜紧张，肠胃蠕动速度加快。如果有必要，可以在餐后服用，这样可以降低腹泻发生的几率，还可以在医生的指导下服用补脾益肠片、思密达等保护肠道粘膜的药物进行治疗。
吃酵素拉肚子是因为服用酵素可以帮助排宿便。酵素所产生拉肚子现象和其他原因不同，主要是因为酵素中含有大量的纤维素、益生菌群以及多种消化酵素，其所含有的纤维素会混在粪便中吸水膨胀使排便通畅。益生菌群可以促进肠胃活动增强吸收能力，使各种食物分解成小分子排泄出体外，所以出现拉肚子的现象。患者应该尽量避免受凉，清淡饮食为主，对症治疗。
一般情况下，如果是肠胃功能差，不能耐受酵母菌，那么服用酶后会出现持续的拉肚子，需要结合自身的具体情况来决定是否服用酵母菌，如果出现了腹泻的症状，可以马上停吃，同时还要服用一些止泻的药物来改善，如蒙脱石散、乳酸菌素片等，如果病情比较严重，患者则需要及时去医院的消化科进行治疗，可以通过口服生理盐水和其它的止泻药来进行治疗，以免对身体造成严重的影响。
通常情况下，酵素酶是一种可以帮助肠胃蠕动的物质，可以帮助消化道中的毒素和食物的残留物。但应遵医嘱使用。
如果是因为人体对酶的抗性比较差而出现的痢疾，需要及时的停药，比如可以通过口服氟哌酸或者蒙脱石散来缓解，还可以通过服用一些维生素来弥补体内所缺少的东西，还可以通过服用一些乳酸菌素片来增强肠胃中的有益菌。