没有本质上的区别，都是活血化淤的中成药。这两种药都有改善微循环的作用，对于缺血性心脑血管疾病有辅助治疗作用。作为心脑血管疾病用药两者选其一种长期口服就行。
两种药物都具有活血化瘀的功效，所以治疗的效果相差不会太多。有脑梗平时一定要保持情绪的稳定，情绪上不要有过大的波动，不要大喜或者是大怒，以免会导致脑血管出现破裂的情况。
脑心通具有益气活血、化瘀通络的功效，主要可以保护神经细胞，血塞通胶囊具有活血化瘀、静脉舒络的功效，主要可以控制高血压。脑梗塞应服用血塞通，其余时两个也可以同时服用效果相同。
有区别，前者是处方药，需要循医嘱服用，后者主要成分是银杏提取物，具有活血化瘀以及通络的功效，主要用于治疗瘀血阻滞所导致的胸痹心痛，或者是中风、半身不遂以及冠心病稳定型疾病。
银杏酮酯滴丸主要用于动脉硬化引起的冠心病心绞痛，脑供血不足，能改善心肌缺血程度、缩小心肌缺血范围，同时具有一定的抑制血小板聚集的作用。银杏叶滴丸是一种治疗心脑血管疾病的中成药。它的具有活血、化瘀、通络的作用。可以缓解和改善因冠状动脉供血不足所引起的胸闷、胸痛、心悸、气短、喘憋等症状，也可以用于改善脑组织供血不足引起的偏瘫、言语不清、口眼歪斜等症状。
脑心通具有益气活血、化瘀通络的功效，主要可以保护神经细胞、血管内皮细胞和心肌细胞，可以促进侧支循环建立，改善血液循环和微循环；可以降低心脑血管疾病引起的症状；出现胸闷、心悸、气短也可以服用。具有活血化瘀、静脉舒络的功效，主要可以控制高血压、高血脂、尿糖病和冠状动脉硬化引起的脑动脉狭窄，脑梗塞服用血塞通，两个也可以同时服用，效果相同。