对于慢性萎缩性胃窦炎，应选用胃粘膜保护剂和促进胃肠蠕动的药物。
出现幽门螺旋杆菌等急性病原菌感染时，可以考虑使用抗生素。可以通过呼气试验来确定。可以选择碳酸氢钠、西沙必利、铝碳酸镁片等药物。阿莫西林、庆大霉素、复方黄连素是最常见的抗生素。日常生活中要注意饮食要有规律，不要过于紧张，不要吃辛辣刺激的食物和药品，还要戒烟。
慢性萎缩性胃窦炎伴肠化及小凹上皮增生可以服用中药进行调理。这种病属于胃癌的癌前病变之一，长期进一步发展有可能进展成为胃癌。一般和个人的体质，饮食习惯以及家族因素等都有一定的关系，还应注意调整个人的饮食习惯，避免过于油腻以及辛辣刺激性食物，以清淡易消化的饮食为主。
萎缩性胃窦炎一般可以进行饮食料理、药物治疗。
1.萎缩性胃窦炎的治疗方法是抑制疾病的发展，并不能完全治愈到肠化和胃癌。因此在治疗上要注意节食，避免食用生冷、刺激性的食品和过量的咸味食品。其次是要多休息，要有好的心态。
2.药物的作用是通过药物来控制病情，减轻临床的表现，对于出现恶心、呕吐、腹部疼痛、腹胀、反酸、烧心等消化道的表现，可以通过使用质子泵抑制剂和粘膜保护剂来改善。如无以上表现，可用胃复春或莫洛丹来控制。
通常情况下，慢性萎缩性胃窦炎药物治疗好。
胃炎有两种类型，一种是慢性萎缩性胃炎，一种是慢性非萎缩性胃炎。慢性萎缩性胃炎是由于粘膜萎缩导致的肠上皮化生，进而发展到癌前病变，甚至是胃癌。其实，这是一个很长的过程，并不是每一种萎缩性胃炎都能发展成为胃癌。胃镜检查显示为萎缩性胃炎，最好是先做幽门螺杆菌的检查。幽门螺旋杆菌检查结果呈阳性，应在治疗胃炎的基础上进行抗幽门螺杆菌的治疗，并且至少要1-2年进行一次胃镜检查。
通常情况下，慢性萎缩性胃窦炎伴肠化一般是比较严重的。具体分析如下：
慢性萎缩性胃窦炎合并肠上皮化生是因为慢性胃炎，平时生活习惯不合理，喜食辛辣、油腻、生热、刺激性的食品，如浓茶，咖啡，汽水，酒精等。可以服用一些奥美拉唑、胃达喜、莫沙比利、柠檬酸铋钾、氧氟沙星等食物来改善。肠上皮化生是癌前病变，需要定期进行检查。
一般情况下，慢性非萎缩性胃窦炎伴糜烂经过积极治疗后一般不严重，具体内容如下：
慢性非萎缩性胃窦炎的糜烂程度、范围、是否有出血等因素决定。糜烂范围小，程度轻，说明症状轻，范围大，糜烂深，可以使用抑制酸和保护胃粘膜的药物进行处理，慢性非萎缩胃炎一般情况下，预后较好，不能及时处理，否则会发展为萎缩性胃炎。这些患者需要注意肠道上皮化生、萎缩和不典型的上皮化生，并发展为胃癌。