灰指甲长到肉里去了，可能会诱发甲沟炎，产生疼痛、红热等不适感。建议患者尽早治疗灰指甲，以预防炎症发生。
患者可结合口服药物与外用药物共同治疗灰指甲，改善症状。建议可在医生指导下服用特比萘芬、伊曲康唑等抗菌药物治疗。同时，患者可配合使用亮甲牌复方聚维酮碘搽剂治疗，其中的聚维酮碘成分可起到消灭真菌、抑制真菌繁殖的疗效，阿司匹林可起到消炎镇痛功效。长期使用该药物，对于灰指甲带来的系列症状均有较好疗效。在治疗灰指甲后，嵌甲的情况通常可得到改善。
小孩灰指甲是由真菌感染引起的，是由指甲与甲小皮的连接处引起的。小孩灰指甲一般不适合治疗，因为服用治疗灰指甲的药物会对肝脏造成一定的刺激，如果给小孩服用了，会影响到小孩的成长和身体健康，可以使用硝酸舍他康唑乳膏或足光散浸泡脚部，这样可以起到一定的抑制作用。当小孩年龄超过16岁时，可以服用特比萘芬片或伊曲康唑片，持续服用3-6个月后，灰指甲的变化就会消失。
甲癣主要是由真菌感染引起的，很容易感染。因此，如果平时发现，注意标准治疗是很重要的。大多数甲癣容易出现指甲颜色改变或指甲增厚的症状。治疗时，患者可以选择药物外用。请按照医生的服用特定的药物。
灰指甲是真菌性疾病，应在医生的指导下，到正规的医院治疗。灰指甲的危害是很多的，在平时我们应该对该病做好预防工作，努力创造一个良好的生活环境，让自己远离疾病，在饮食上要保证营养的充足，要选择舒适的鞋子，不要在不正规的地方做美甲。保持生活环境的卫生，注意室内空气的流通，定期消毒等。
除了适于外用药物治疗的甲真菌病以外，各型甲真菌病可选用系统药物治疗，主要口服抗真菌药物，光动力治疗，利用光敏剂结合一定波长的红光进行照射，产生氧自由基等杀伤病原微生物，从而达到治疗目的。离子导入是利用低电流让局部药物更好的渗透进入甲板和周围的组织提高治疗疗效，但这种方法难以穿透甲板全层。