治疗灰指甲的药物可有口服药物与局部药物：
一、口服药物：可使用具有抗真菌作用的药物治疗灰指甲，如特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等，该类药物对真菌具有较强的抑菌、杀菌效果，可起到不错疗效。
二、局部药物：如亮甲牌复方聚维酮碘搽剂，在病甲部位使用该药物，可使药物成分进入甲下，起到持续杀菌作用。其中聚维酮碘、阿司匹林等抗菌消炎成分作用于真菌，能够有效杀死致病真菌，抑制真菌繁殖。坚持使用后，可帮助改善灰指甲带来的变色、变形等症状。
花椒按照中医的功能主治来说是有杀菌的作用，因此如果用花椒水来涂灰指甲，可能会有减缓的趋势，但是也并不是所有的人对药物敏感，用花椒和盐煮水.盐具有杀菌的作用，而花椒能够除湿，很好地收敛皮肤，这对治疗脚气很好.拿个小盆，先接些凉水，将煮开了的花椒盐水适量地加入盆中.好了，温度差不多不烫脚的时候就可以拿来泡脚了.像这样用煮过的花椒盐水泡脚，每天一次，坚持使用一周，一般的脚气都能被治好。
孕妇可以治疗灰指甲。
灰指甲是一种常见的真菌性疾病。在临床中如果孕妇发生了灰指甲，也是可以进行治疗的。但由于患者处在一个比较特殊的时期，在灰指甲治疗期间，往往只建议其应用外涂的抗真菌药物，并不建议患者应用口服的抗真菌药物。最常用的就是阿莫罗芬、碘酊等来进行外涂的治疗。如果要口服药物来进行治疗，应在医生的指导下进行治疗，如果有不良情况应及时前往医院进行检查。
灰指甲本身是真菌感染引起的，中药没有专门针对真菌治疗的药物。用中药的话也只能是清热解毒类的药物，可以起到辅助治疗的作用，需要用特比萘芬片，或者灰黄霉素，进行抗真菌药物治疗，按照规定的疗程用药，注意肝功情况。
灰指甲通常指甲癣。一般情况下，不存在“最好”的说法，甲癣可以通过使用药物、日常护理等方式来治，具体内容如下：
1.使用药物：如果患者有甲癣，应及时就诊，遵医嘱使用盐酸特比萘芬乳膏、伊曲康唑颗粒等药物进行治疗，必要时可以拔甲进行治疗。
2.日常护理：如果患者患有甲癣，应养良好的卫生习惯，要注意保持甲部清洁、干燥，要及时更换、清洗鞋袜，尽量避免穿着他人的鞋袜，以免出现传染。