脚趾头上长透明小水泡需要根据具体的病因来选择使用的药物。
导致脚趾头上长透明小水泡主要有两种原因，一是变态反应性皮肤炎症，二是脚步出现真菌感染。建议患者先检查脚部真菌，如果检查为阳性，需要先对水泡进行处理，再使用抗真菌的药物。如果检查结果为阴性，则需要先用生理盐水进行外敷，再使用抗炎抗过敏的药物进行治疗。
患者因疱疹、湿疹等原因，容易导致脚趾头上长小水泡，通常可能是采取日常护理、使用药物等方法改善。
1、疱疹：在免疫力低下的情况下受到人类疱疹病毒感染，便可能引发疱疹，在皮肤表面出现局部或群集分布的水疱，因此脚趾头上长小水泡可能是疱疹引起的，建议患者平时注意保持营养摄入均衡，适当进行体育锻炼，增强体质，还可在医生指导下使用药物进行治疗，如阿昔洛韦乳膏、盐酸伐昔洛韦胶囊等。
2、湿疹：长期处于潮湿的环境中便容易引发湿疹，通常以红斑、丘疹、瘙痒为主要表现，所以该疾病也可能导致脚趾头上长小水泡，建议患者平时注意保持所处环境通风静静，较为严重时可遵医嘱使用盐酸西替利嗪胶囊、依巴斯汀片等药物进行治疗。
考虑可能是汗疱疹，手脚都会出现，西医病因为汗液排出不畅，中医考虑为体内湿热重，治疗以健脾燥湿化痰为主，可以口服健脾中成药，或者中药汤剂，平时洗手不能用洗衣粉，浴液，肥皂之类。
这多数是由于脚底不合理的运动所引起的，比如不合理的鞋子使得脚底和鞋子过于摩擦，就会出现长水泡的症状。每天坚持用热水泡脚，擦干后及时的涂抹脚气水，穿一些透气性好的鞋子，每天坚持更换袜子，鞋垫。
一般情况下，脚趾头有小水泡、痒，患者可以采用内服药物、外用药物等方式进行治疗。
1.内服药物：脚趾头有小水泡、痒可能是足癣导致的，患者可以在医生指导下内服盐酸特比萘芬片、灰黄霉素片等药物进行治疗。
2.外用药物：脚趾头有小水泡、痒可能是湿疹导致的，患者可以在医生指导下外用除湿止痒软膏、醋酸地塞米松乳膏、糠酸莫米松乳膏等药物进行治疗。
一般情况下，脚趾头长水泡可能是汗疱疹、足癣等原因引起的。
1.汗疱疹：也就是所谓的出汗不良性湿疹，这种情况在夏天会出现，主要表现在两只脚的两侧，主要有水泡、瘙痒等症状，可能导致脚趾头长水泡。
2.足癣：足癣是一种真菌性皮肤病，也可能导致脚趾头长水泡，会伴随着强烈的瘙痒，有可能是单侧出现，做真菌检查可以确诊。