男性生殖器流脓是不会自愈的。
如果已经出现过生殖器流脓的症状，但是过段时间表面看上去没什么问题，那可能实际是上行到前列腺，如果还伴有腰酸背痛的感觉，那说明根本没有治愈，而且生殖器流脓是淋病的典型特征，需要尽早去医院进行治疗，不然会造成生育和泌尿功能发生相关疾病。
阴茎流脓可能是尿道炎导致的。
比如对于可能是引起阴茎流脓的尿道炎，临床上可将其分成两类：淋病与非淋病。淋菌性尿道炎主要是因为人体受到淋球菌的影响，出现的尿道脓性分泌物、尿频、尿痛、尿道口肿胀等症状。非淋菌性尿道炎主要是因为人体受到了淋球菌之外的病原体感染，还会出现尿道刺痒、尿道分泌物增多、尿痛等症状。
阴茎流脓考虑是尿路感染、淋球菌性尿道炎导致的。
男性阴茎有脓液，认为系尿路感染，由于脓液一般因感染粘膜坏死而产生。常常和私密处不够卫生有一定关系，需要在日常进行护理。
淋球菌性尿道炎的主要表现为尿道口流脓、尿频，还有尿痛的症状，通常都有不洁性生活史，分泌物培养为淋球菌，可明确诊断，需进行抗感染治疗。
阴茎有疼痛和流脓的症状，需要考虑是由于毛囊炎或者是淋病。要尽快到医院就诊，确诊后需要进行药物的调理。
1、毛囊炎：可以口服阿莫西林胶囊、头孢克肟片等药物进行全身的抗炎症处理，化脓后要及时将脓腔打开，然后用碘伏、过氧化氢溶液等进行杀菌处理；
2、淋菌性尿道炎：如果男人有过性行为或者是被细菌所传染，就会被淋球菌所引起，从而引起淋菌性尿道炎。病人可以口服阿莫西林胶囊、头孢克肟颗粒等抗淋球菌。
同时要多饮水，在病情没有痊愈之前不要发生性关系，以免发生相互传染。
通常来说，尿痛流脓可能是淋病导致的，具体分析如下：
淋病是一种常见的性传播疾病，淋病是一种由细菌感染引起的疾病，常表现为泌尿生殖系统的化脓性感染，症状主要与感染部位有关。淋球菌涂片是由当地的泌尿外科进行的，如果有淋球菌的涂片（+）就是淋病的诊断。可以服用头孢克肟等头孢菌素类抗生素，还可以口服阿奇霉素等大环内酯类抗生素。
女性尿道口流脓是妇科常见的急性尿道炎。
除了流脓外，主要表现为尿频、尿急、尿痛、尿不尽、尿道内瘙痒、尿道口红肿以及尿道口有分泌物排出等。建议及时到医院检查尿液、常规妇科白带检查，以全面检查身体的病灶情况。
可以选择抗生素治疗，也可以选择消炎止痒的药物。