女性衣原体感染的治疗主要有药物治疗、手术治疗等。
1、药物治疗：四环素，多西环素，红霉素，阿奇霉素，克拉霉素，肺炎衣原体感染。四环素类、大环内酯类药物治疗沙眼衣原体感染。
2、手术治疗：沙眼后遗症和并发症的治疗，滤泡多的挤压术，睑内翻和倒睫者手术矫正。手术治疗合并尿道狭窄、女性不孕等。
患者应根据医生的判断，避免自行用药，选择适合自己病情的治疗方法，以免延误病情，防止病情恶化。遵照医生的指示进行治疗和用药。
衣原体感染可以沿宫颈管上行至子宫、输卵管及其附近组织，造成输卵管炎或附件炎、盆腔炎。是需要及时治疗的病症，但是鉴于它对西药的多种抗生素敏感，且抗生素只能在短期内改善衣原体感染的症状，长期容易产生耐药性，无法消除衣原体感染的病因。所以建议用中医内调会比较好。
肺炎衣原体感染患者通常可以通过使用药物、日常护理等进行治疗好。
1.使用药物：肺炎衣原体感染患者会出现发热、寒战、肌痛、干咳、头痛等症状，患者可以按照医嘱吃喹诺酮类、四环素类抗生素等药物进行治疗，一般能有效的控制病情。
2.日常护理：患者应避免和人接触，保持室内清洁，空气流通。
衣原体感染选择抗生素治疗。
治疗衣原体感染首选四环素，阿奇霉素等；如果患者是支原体肺炎，还可选用红霉素、多西环素、米诺环素等药物联合治疗。喹诺酮类药物有左氧氟沙星等、莫西沙星，也有疗效。有效疗程一般为7~21天。对并发症有眼睑内翻、尿道狭窄、女性不孕等，一般需联合外科手术综合治疗。
男性衣原体感染可以通过生活护理、药物治疗等方式进行改善。
在感染的时候，要多吃一些清淡的食物，不要喝酒，不要受凉，不要熬夜。盐酸多西环素片、阿奇霉素片等是目前比较常见的药物。尿路炎症是一种常见的疾病，表现为尿路发炎，会有尿灼热、排尿时的刺痛感，尿路的分泌物会增加，尿路的分泌物也会变得很淡。早上起床后会发现尿道有大量的白色分泌物阻塞，同时可以发现里面有大量的白色的分泌物，需要及时就诊。
衣原体感染可以通过药物治疗、生活护理等方式来治疗。
衣原体感染可能会引发沙眼、生殖器感染，患者可以在医生的指导下使用阿奇霉素、红霉素或四环素等药物进行治疗。还需保持良好的卫生习惯。并且在治疗期间，避免发生性行为，以免出现交叉感染的情况。在饮食上，要清淡饮食，避免吃辛辣刺激的食物。