淋菌性尿道炎可通过一般治疗或药物治疗。
建议患者多喝水，禁食辛辣食物和酒精，在治疗过程中不能同房，必须对被污染的内衣、浴巾进行消毒。如果出现排尿困难、尿道黏膜肿痛等症状，还需要积极在医生的指导下使用抗感染的药物进行治疗，比如头孢曲松和阿奇霉素。
淋菌性尿道炎复发患者一般采用抗生素进行治疗，具体分析如下。
比如用喹诺酮类的抗生素或者头孢类的抗生素，足疗程，一般都能达到较好的效果。当然，抗生素治疗前还要做尿液或尿道分泌物的微生物培养和药敏实验，如果经验性用药效果不好，可以根据药敏试验结果调整药物。对于复发的淋菌性尿道炎，应明确复发原因，防止复发。尤其是淋菌性尿道炎患者，应及时送医院进行检查治疗，只有同时治愈，才能预防淋菌性尿道炎复发。
非淋球菌性尿道炎是由衣原体、支原体等淋球菌以外的其它病原体所引起的尿道急慢性炎症，因此在治疗上主要是使用抗菌药物。
由于这种尿道炎可以通过性接触传播，因此在治疗期间要采取防护措施，避免交叉感染。
临床上治疗非淋菌性尿道炎的药物有三大类，其中以大环内酯类使用最为广泛，常用的有阿奇霉素片、红霉素肠溶片等。此外，盐酸环丙沙星片、氧氟沙星胶囊等喹诺酮类药物，也可以用于非淋菌性尿道炎的治疗。
首先需要多饮水，多排尿，对泌尿系统起到一个冲洗作用，要到专业的科室检查，分泌物，做细菌培养，加药敏试验，这样才能有针对性的用药，这期间避免有性接触。多考虑尿道的炎症反应才会出现，非淋菌性尿道炎属于一种性传播疾病。
淋菌性尿道炎可以有很多种方法。目前常用一些对症药物进行治疗，一般单次口服就可以。如果存在有细菌耐药的情况，通常可以通过药敏试验，来选择敏感的抗生素，选择一些对于耐药的淋球菌感染效果比较好的药物。
非淋菌性尿道炎症可以通过中药治疗。非淋菌性尿道炎是指由淋菌以外的其他病原体，主要是沙眼衣原体和支原体等引起的一种性传播疾病。主要采用药物治疗。中药治疗以清热解毒，利湿通淋为主。