女性衣原体感染的治疗主要有药物治疗、手术治疗等。
1.药物治疗：四环素，多西环素，红霉素，阿奇霉素，克拉霉素等一线治疗药物是肺炎衣原体感染的首选药物。四环素类、大环内酯类药物治疗沙眼衣原体感染。
2.手术治疗：沙眼后遗症和并发症的治疗，滤泡多的挤压术，睑内翻和倒睫者手术矫正。手术治疗合并尿道狭窄、女性不孕等。
患者应根据医生的判断，避免自行用药，选择适合自己病情的治疗方法，以免延误病情，防止病情恶化。遵照医生的指示进行治疗和用药。
肺炎衣原体阳性通常需要使用药物进行治疗。
肺炎衣原体阳性者提示机体内存在肺炎衣原体感染所致疾病，会导致气管炎、咽炎、扁桃体炎等疾病。肺炎的病情会使人体浑身发热、酸疼、声音沙哑等，咳嗽及其他症状。衣原体感染者可使用大环内酯类的药物，如红霉素肠溶片、罗红霉素分散片等进行抗感染治疗。
衣原体阳性可以通过药物治疗、生活护理等方式来改善。
如果衣服原菌呈阳性，可以考虑进行药物的抗菌药物。常见的是阿奇霉素、罗红霉素和红霉素等大环内酯；眼睛有衣原体的炎症，可以选择用红霉素眼油。如果是比较严重的，可以通过静脉输液来进行。还可以口服多西环素、克拉霉素等药物。
衣原体阳性可能是因为细菌感染，平时可以吃一些消炎药或者其他抗生素进行消炎杀菌处理，平时一定要注意下体的干净卫生或者是用专用的药水来进行下体清洗，调理期间不要同房，避免再次受到感染。
女性支原体、衣原体可以通过药物进行治疗。
妇科支原体、衣原体感染一般都是用一定量的抗生素进行治疗，一般情况下可以将其分离出来，然后进行药物敏感性测试，以确定哪些抗生素比较敏感，然后进行相应的治疗。常用的抗生素有红霉素、阿奇霉素等。对于支原体、衣原体等，一般不能使用其他的广谱抗生素。
