目前尚无针对性治疗传染性软疣药物，如西多福韦软膏和咪喹莫特乳膏均能起到一定的治疗作用，但其具体作用个体差异较大。
临床上对传染性软疣的治疗主要以物理疗法为主，药物治疗由于作用缓慢，且尚无明确针对传染性软疣的治疗药物而较少使用。但是抗病毒药物、免疫调节剂和其他外用药物能起到一定的治疗作用。
传染性软疣涂可以遵医嘱抹维A酸软膏、水杨酸软膏、咪喹莫特霜剂等药物。
治疗的时候，医生会根据病人的具体情况，综合考虑，一般采用药物治疗、手术等，常用的药物有维A酸软膏、水杨酸软膏、咪喹莫特霜剂等。很多临床医师都认为，为了减少性病的传染和预防自己的免疫，应采取生殖器的传染性软疣。
通常，用咪喹莫特乳膏或咪喹莫特乳膏来治疗传染性软疣，效果会更好。具体分析如下：
1.咪喹莫特乳膏：咪喹莫特乳膏主要用于治疗传染性软疣，属于处方药免疫增强剂型，具有促进皮肤新生的作用。
2.咪喹莫特乳膏：咪喹莫特乳膏是免疫调节剂，主要用于治疗尖锐湿疣、传染性软疣、尖锐湿疣等疾病，促进皮肤健康恢复，改善皮肤表面丘疹。
传染性软疣应该涂抹水杨酸软膏、维A酸软膏、红霉素软膏等药膏。
传染性软疣病毒经皮肤、污染物或其本身种植所扩散的病害，如果患者不小心染上了这种疾病，可以在医生的指导下涂抹水杨酸软膏、维A酸软膏等药物进行治疗，如果患者不注意日常护理，出现了感染的情况，还可以按医嘱涂抹红霉素软膏。
此外，患者应该合理饮食，避免吃辣椒。
传染性软疣通常可以涂抹肽丁胺软膏、咪喹莫特乳膏、5%5-氟尿嘧啶乳膏等药膏。
传染性软疣具有比较强的传染性，初期皮损通常为正常颜色的小丘疹。在治疗时，患者可以遵医嘱外用肽丁胺软膏、咪喹莫特乳膏、5%5-氟尿嘧啶乳膏等药物，以促使疣体消退。如果药物治疗作用不明显，也可以选择冷冻或者激光治疗。
出现传染性软疣的情况下，可以应用酞丁安软膏、咪喹莫特乳膏、五氟尿嘧啶乳膏等药物进行治疗。传染性软疣是一类由病毒感染引发的皮肤疾病，多见于儿童以及免疫力低下的人群。这类疾病具有一定的传染性，发病之后需要积极应用药物来对症治疗，并且需要做好相应的隔离措施。