口服抗菌药治疗灰指甲的效果并非百分之百，据临床研究发现，其治疗率从40～70％都有，且服药时间长，对肝肾的毒副作用非常大，不宜长久服用，一般的外用药物只要可以穿透指甲的致密角质层，药效能作用于甲床，就能有效治疗灰指甲。
灰指甲的治疗药品有很多种，一般是抗真菌的药物治疗，需要进一步检查，需要结合医生合理用药治疗的，这样治疗效果比较安全，有助于病情恢复的，平时需要注意卫生，注意勤剪指甲。
灰指甲属于真菌感染性疾病，主要应用于抗真菌药，吡咯类抗真菌药包括咪唑类和三唑类。
1.咪唑类药物有酮康唑，咪康唑，克霉唑等。
2.三唑类药物有氟康唑、伊曲康唑等，伊曲康唑具有高度亲脂性、亲角性、易口服、易吸收，药物在皮肤和指甲中的浓度迅速超过血浆浓度，皮肤浓度可以维持数周，甲素浓度持续6~9个月。用于治疗灰指甲。
3.特比萘芬是丙烯胺类抗真菌药物，它可以抑制麦角固醇在真菌细胞膜上合成角鲨烯环氧化酶，从而达到杀灭和抑制真菌的作用。
我们指甲在正常的情况下是中性的，患有灰指甲的手指已经变异为碱性。灰指甲的病因是真菌感染，碱性是真菌最喜爱的生存环境。要想摆脱灰指甲，灭菌，我们应该从破坏真菌喜爱的生存环境做起。醋精属酸性，可以很好的及中和碱性，使指甲恢复中性。
具有抗皮肤癣菌、酵母菌和霉菌的药效。现在多数用间歇冲击疗法来治疗灰指甲，方法为口服200mg，每日2次，连服1周，停3周，为一个疗程。指甲真菌病可用2-3个疗程，趾甲真菌病可用3-4个疗程；停药后6月复诊，观察其疗效。