如果不接触化学用品，指甲根部凹陷出现小孔可考虑：缺铁性贫血。银屑病（影响到指甲根部的皮肤细胞，使指甲变得不光滑，并且指甲根部凹陷），还有心脏病，甲状腺功能减退，指甲外伤，真菌感染等都可能出现指甲根部凹陷的症状，需要到医院做全面检查确诊后对症治疗。
指甲凹陷与甲母质外伤、银屑病甲、甲营养不良引起。随着甲母质受伤时间的延长，末梢循环的障碍，指甲凹陷区域变宽变深，有全身红斑伴鳞屑、瘙痒的银屑病病史，甲真菌病、会引起指甲凹陷。
指甲壳上有小孔种病甲表现提示身体内钙质、蛋白质以及硫元素的缺乏，平时多吃一些含有钙质以及蛋白质的食物，也可多吃一些新鲜的水果以及绿色蔬菜，而且这些营养物质可以从蛋类、大蒜中取得，经常食用为好。
有可能和最近重体力劳动有很大的关系，因为经历了长期的重体力劳动压力下，会阻碍指甲末端的血液循环，长期以往导致指甲出现凹陷，健康人的指甲色泽粉红。把十个指甲放在阳光下观察，手指上下移动，如指甲表面有闪耀的反射，那就显示整体健康处于极佳状态，体内各器官的功能都完好正常。
指甲凹陷的症状被认为与微量元素和维生素缺乏有关。医院检查缺锌、缺钙和贫血是否会导致抑郁症状。钙和锌可以补充观察。贫血的症状也会导致指甲凹陷。适当的补铁和注意饮食调节观察。通常，动物内脏、瘦肉、蔬菜和水果应该多吃观察。通常多吃含钙食物。
指甲盖凹陷是的原因是缺铁性的贫血，当手指甲出现凹陷时和缺铁有很大的关系，缺铁本身不会导致指甲的畸形，但是缺铁的时候会让指甲内的胱氨酸量低于正常，同时还会出现头晕、头痛、烦躁。