耳朵内有霉菌感染时，会感到奇痒难耐。在治疗的时候患者要注意保持耳朵的干净，避免潮湿，可以在耳朵里面滴入硼酸溶液，这样可以起到收敛和抑制渗出的效果。可以外用复方酮康唑乳膏，具有抗真菌的功效。
建议患者不能频繁的抠耳朵，也不能进行摘耳手术，以免造成交叉感染。不能随便买滴耳液，否则会影响到外耳道的正常细菌环境。真菌性外耳道炎首先要确定自身的免疫系统疾病和糖尿病，要及时治疗才能缓解。
皮下真菌病和全身性真菌病统称为深层真菌病。我国深部真菌病的发生率急剧上升，这与广谱抗生素、类固醇、免疫抑制剂、器官移植、导管手术、糖尿病、爱滋病等因素有关。可通过如下方式治疗：
1.临床上以念珠菌、隐球菌、曲霉菌等最多，治疗深部真菌性疾病首先要消除各种诱发因素；
2.其次要根据患者的具体情况选择不同的抗菌药物：两性霉素B是目前常用的治疗药物。
3.氟胞嘧啶、制霉菌素；咪康唑、酮康唑、克霉唑、氟康唑、伊曲康唑等药物都可用于治疗该疾病。
一般情况下，脸部真菌感染的治疗方法有以下几方面：
患者可以先口服伊曲康唑胶囊，但需遵医嘱，用药前辅查肝功、血脂等，也可口服盐酸莫西沙星片、复方甘草酸苷片等，再用复方黄柏洗剂、晟露洗剂等冷湿敷贴，也可以用盐酸布替萘芬搽剂、盐酸特比萘芬乳膏等交替早、晚外涂。如感染较重，需预先进行皮肤无菌清创，再用碘化钾溶液、硝酸咪康唑软膏等交替早外涂，平时应忌辛辣、忌饮酒等。
痤疮真菌感染可以使用抗真菌的药物治疗，能够促进恢复。
可以外用酮康唑乳膏或者是米糠唑乳膏，能够起到一定的效果，如果比较严重者也可以口服伊曲康唑，能够起到抗真菌的效果，需要按疗程用药，能够使病情尽快的恢复。如果伴有感染的症状，也可以外用抗生素软膏进行治疗。
治疗期间需要注意做好皮肤的护理措施，能够预防病情反复。
头部真菌感染后会出现三种皮肤病，主要指白癣、黑癣和黄癣，本身都是真菌作用于局部头皮后导致的皮肤病。白癣主要表现为白色斑块、脱皮，有轻微的断发，黑癣主要称黑色片状皮损，可导致头发从发根剥脱，黄癣呈黄色皮损会呈现永久性脱发。绝大多数头部真菌感染会伴随明显的头皮、瘙痒和局限部位的脱皮，如果要治疗建议选择口服药物配合外用药物进行治疗。
眼睛真菌感染主要是应用抗真菌药物，包括眼睛局部用药，全身口服抗真菌药物。例如两性霉素b、纳他霉素、酮康唑，氟康唑，伊曲康唑、特比萘芬等。丝状真菌首选5%纳他霉素，念珠菌首选两性霉素b。开始可以1-2小时滴眼1次，好转后可以降低频率。严重病例也可以口服特比萘芬或伊曲康唑等。药物治疗无效，手术清创和角膜移植，波及玻璃体，进行玻璃体切割联合眼内注射抗真菌药。