生殖器疱疹的潜伏期为1周至2个月。原发性生殖器疱疹感染者为HSV-1型，经过一定的静止时期，继而复发病变为HSV-2型，形成周期性复发。生殖器疱疹的潜伏期每次发作的病程也较短，不过通常用药后7天左右也可消退，继而再犯，发热，月经，精神创伤，酗酒，食物及药物都有可能导致加快，复发的时间，治疗还需要从根本上辨证施治全面调理就可以。
生殖器疱疹病毒开水是杀灭不了的。生殖器疱疹病毒最主要的是抗病毒的药物，一般选择口服治疗，也可以静脉滴注。首次发作的病人7到10天为一个疗程，一个疗程即可见到明显的疗效。
如果生殖器疱疹传染到嘴上起泡，一般采用抗病毒药物治疗比较快，局部使用药膏涂抹。重点预防复发，主要依靠自身免疫力，目前没有特效药物，建议合理营养，加强体育锻炼，避免熬夜，避免劳累，提高自身体质。
生殖器疱疹病毒可以清除，感染疱疹病毒引起，是要通过性传播，易反复发作、对于复发性的生殖器疱疹要经过长期的抗病毒治疗，可以减少复发的机会，但也并不能做到完全不复发的作用，在发病的时间不宜发生性行为，以防止传染。
生殖器疱疹目前主要有西医治疗、中医治疗等，西医激光、冷冻等手术治疗相对来说见效快，但很难从病毒入手治疗，治标不治本；要想彻底摆脱生殖器疱疹的困扰，一定要选择国家正规专科医院科学有效的新疗法，另辟蹊径，只有科学有效的治疗方法，才能治疗生殖器疱疹。治疗生殖器疱疹的根本在于去除病毒和防止疾病的复发。
生殖器疱疹的治疗方法有很多，不管是传统的中医治疗还是西医治疗，消除感染是最终的目的。中医在诊断生殖器疱疹时，会将生殖器疱疹分为三种，生殖器肿胀，肾气不足，阴囊潮湿，针对不同的症状，分别给予不同的治疗方式，患者可以到医院请医生具体确诊一下，对症进行治疗。