一般情况下，指甲上很多小坑可能是缺钙、真菌感染等因素造成的，具体内容如下：
1.缺钙：挑食、节食等因素可能导致患者出现缺钙的情况，可能导致患者指甲上很多小坑。患者可以遵医嘱使用葡萄糖酸钙口服溶液等药物进行治疗，也可以吃一些牛奶、红枣等来补钙。
2.真菌感染：真菌感染可能诱发甲癣，可能导致患者甲面方式变化，可能出现指甲上很多小坑的情况。患者应及时就诊，遵医嘱进行抗真菌治疗，以免耽误病情。
指甲上有很多小坑，由于缺钙，可以吃一些补血补钙的食物，可以多晒太阳，促进钙的吸收，提高免疫力。去做骨密度检测，或者是缺钙检测，确定病因之后在进行治疗。也可能是由于真菌感染引起的。
应该是由于指甲营养不良引起的。可能是体内缺乏维生素，微量元素或者蛋白质摄入不足有关。可以服用针对药物，适当的补充维生素和微量元素。平时的饮食中要注意多吃些新鲜的蔬菜水果，多吃粗粮，每天坚持喝牛奶，多吃豆制品，坚持吃鸡蛋。
指甲出现小坑的现象主要是人身体缺乏维生素A、钙质所致，平时应该吃一定量的胡萝卜、蛋黄等食物。指甲杵状膨大表示患有气肿、结核病、心脏血管病、溃疡性结肠炎或肝硬化。
指甲上有小坑是典型的灰指甲的前期病症，因为灰指甲的致病菌寄生在甲板里和甲床上，从而造成对指甲的侵蚀而形成的小坑症状。可以由用热水泡一下，要等待新指甲长出之后，就会消失。如果状况较重，是需要进行药物治疗。
指甲上面出现有很多小坑是由于缺乏营养，免疫力下降的一种表现，有可能还会伴随有身体疲惫乏力症状，可以到医院做个微量元素检查，平常还要多吃蔬菜水果，每天坚持喝牛奶，多吃豆制品，坚持吃鸡蛋。