大拇指手指甲严重变形凹陷考虑体内缺钙，缺锌的可能性比较大。去当地医院就诊，化验微量元素，平时要均衡营养，检查结果采取相应的治疗，可以抗真菌的药物或者一些洗剂，注意休息。
钙缺乏、铁缺乏、锌缺乏等，但它不是绝对的。根据其他表现，可以适当补充钙、锌，多吃富含铁的食物，注重强化营养，合理膳食结构。每年至少检查一次，看看是否贫血，是否缺乏维生素和矿物质。
与下列因素有关：低氧血症。缺氧可以引起机体动脉氧分压下降，致使末梢组织的血液循环缺氧，引起指甲的营养代谢障碍，形成指甲凹陷。重体力劳动。劳动的强度大小对于指甲凹陷有一定影响。患缺铁性贫血及造成指端缺血的雷诺氏病，可引起指甲凹陷。
手指甲出现竖纹和凹陷，可能是由于营养不良原因导致的指甲变形，多半是缺铁、缺锌、缺钙的原因引起的，也是慢性疾病的表现，比如慢性肠胃炎。如无其他异常现象，可以针对微量元素检查，如果存在缺锌和缺钙症状的，可以通过补锌和补钙进行治疗，进指甲恢复正常光滑。
指甲的真菌感染或者特异性感染。是全身性的原因，包括贫血，自身免疫性疾病。去正规的医疗机构外科或者皮肤科，检查咨询。病因治疗，而且有针对性个体化的治疗方式。
手指甲凹陷是一种常见的甲畸形，多称作匙状甲或反甲，以甲板变薄，中央凹陷而周围隆起呈匙行为特征。可能是工作时长时间接触强碱性肥皂或石油产品所导致的。也可能是某些皮肤病如湿疹、扁平苔藓、冻疮、黑棘皮病、斑秃等，以及一些系统性疾病如甲状腺功能亢进或低下、梅毒、冠心病、风湿热、伤寒等导致的手指甲凹陷的现象。