神经梅毒一经诊断，必须马上进行治疗，常用药物治疗。
首选药物是青霉素，它是一种安全、有效的药物，能控制梅毒的发展，通常是静脉注射。也可以选择多西环素，它是治疗青霉素、头孢过敏患者的首选治疗药物。在治疗后3、6、12个月、2年、3年要做血清、脑脊液梅毒检测。
此外，卡马西平可以用于神经梅毒患者，如果有内脏危象，可以使用阿托品。
神经梅毒是由于梅毒感染之后没有治疗，而导致神经系统损伤，有可能还会有身体其他的器官损伤，通常这个主要是可以通过药物治疗，还可以对症处理其他并发症，还可以配合口服的药物，当然也可以去医院，但是具体用药请遵医嘱。
神经梅毒治疗包括治疗梅毒螺旋体和治疗相应的并发症，梅毒螺旋体需要使用药物治疗，但剂量必须达到杀死梅毒螺旋体的水平，使其在脑组织、脑脊液和脊髓中的螺旋体消灭，需要适当补充微量元素，避免过度劳累。
梅毒分为三期，第一期有任何症状，只是生殖器部位有硬下表现。也就是说，生殖器部的溃疡、红肿的情况，第二天皮肤上出现皮疹，一般出现神经系统症状，即神经性梅毒，第三期。在治疗中，除了对青霉素的肌肉注射具有长时间效果外，还需要对症治疗。
神经梅毒在临床上有很多类型，它的治疗方法和预后也根据患者的症状不同而不同，大多数是不能治好的，只能好转，以控制症状为主，而神经梅毒大多是感染苍白密螺旋体后、神经侵犯的疾病，所以要尽早诊治，从早期梅毒就开始治疗，定期复查。
梅毒变成神经梅毒一般需要两年左右的时间。
梅毒是一种慢性的性病，而它在神经系统所造成的伤害则统称为神经性梅毒。神经性梅毒比较少见，一般是梅毒感染2-3以后才会出现。神经性梅毒不及时治疗，五到十年后可发展为晚期无症状神经梅毒、脑膜血管梅毒、脊髓痨或麻痹性痴呆等。