在治疗上先应该纠正诱发因素，然后选用唑类、丙烯胺类或者吗啉类的药物外用，剂型选择凝胶、霜剂、溶液为佳，如果能够配合抗真菌的香波局部洗浴疗效会更好。使用环比酮胺外用制剂，因为此药有较强的穿透性，由于马拉色菌也就是糠秕孢子菌深藏在毛囊内，治疗的时间比较长，至少需要治疗四周以上。对于炎症反应较重或者皮疹数目较多的患者，应该给予口服药物的治疗。
糠秕孢子菌毛囊炎可能是多种原因导致的，具体分析如下：
马拉色菌性毛囊炎是一种慢性、反复发作的马拉色菌，其病因可能与毛囊阻塞有关。该病好发于夏季和秋季，多见于中青年，多发于颈部、前胸、肩背部等脂溢处，典型的皮损为2-4 mm的半圆形炎性毛囊丘疹或小脓疱，形状和大小均匀，密度或大小均匀，数量多，可伴有瘙痒，但不伴发花斑糠疹，仅有部分患者会出现在脸部，患者可以使用复方咪康唑乳膏进行抗菌治疗。
糠秕孢子菌毛囊炎是由糠秕马拉色菌引起，该菌是人体皮肤的正常菌群，也不要用过热的水继续烫洗，不要食用辛辣刺激海鲜类食物，从饮食进行改善多吃养颜的蔬菜和水果等，改善质量。
糠秕孢子菌毛囊炎即马拉色菌毛囊炎，可以通过局部外用涂抹药物、口服药物的方法进行治疗，对于改善皮肤长丘疹的症状可以起到一定的帮助作用。
1.局部外用涂抹药物：可以在医生的指导下，合理的使用盐酸特比萘芬乳膏、盐酸阿莫罗芬乳膏等药物进行治疗，这些药物通过改变真菌细胞膜从而达到抑菌的作用。
2.口服药物：除了通过在局部涂抹药物以外，还可以遵医嘱使用伊曲康唑胶囊、氟康唑胶囊等药物进行治疗，可以起到抗真菌的作用，能够有效的杀灭真菌。
出现糠秕孢子菌毛囊炎要注意皮肤卫生，不要吃辛辣的食物，不要喝酒，不要吃海鲜食物，不要吃热性食物，防止出现影响。另外可以依照病情使用软膏等药物治疗，也可以到医院皮肤科检查，在医生指导下进行药物治疗。
食上要注意少吃酒类及酸、辣等刺激性食物，平时应少吃油腻之物。多食蔬菜、水果，增加维生素，保持大便畅通。注意保持个人卫生，不进食辛辣刺激以及油腻燥热的食物，不饮酒，少吃温热补养类的食物；多吃水果以及营养价值的水果类食物。
