一般情况下，指甲上很多小坑可能是缺钙、真菌感染等因素造成的，具体内容如下：
1.缺钙：挑食、节食等因素可能导致患者出现缺钙的情况，可能导致患者指甲上很多小坑。患者可以遵医嘱使用葡萄糖酸钙口服溶液等药物进行治疗，也可以吃一些牛奶、红枣等来补钙。
2.真菌感染：真菌感染可能诱发甲癣，可能导致患者甲面方式变化，可能出现指甲上很多小坑的情况。患者应及时就诊，遵医嘱进行抗真菌治疗，以免耽误病情。
一种是指甲的整体的凹陷，这种凹陷是属于勺状甲，勺状甲主要是由于甲营养不良症而形成的，大多的原因是甲母质出现了一定的障碍，所以形成勺状甲的外观。除了勺状甲，还有一种就是点状凹陷，点状凹陷又叫顶针甲，顶针甲形成原因有的可能是微量元素的缺乏，也有可能是甲营养不良症而形成的。还有一种可能就是甲真菌病而形成的顶针甲。
指甲盖有小点是典型的灰指甲的前期病症，因为灰指甲的致病菌寄生在甲板里和甲床上，从而造成对指甲的侵蚀而形成的小坑症状。指甲出现小坑的现象主要是人身体缺乏维生素、钙质所致。
指甲上有很多小坑，由于缺钙，可以吃一些补血补钙的食物，可以多晒太阳，促进钙的吸收，提高免疫力。去做骨密度检测，或者是缺钙检测，确定病因之后在进行治疗。也可能是由于真菌感染引起的。
指甲出现凹陷小坑通常是饮食不均衡和缺乏微量元素引起的。需要查一下微量元素和维生素d，注意有没有缺锌贫血和缺维生素。平时注意不要偏食，多吃蔬菜水果。多吃点新鲜的水果蔬菜，不能偏食。
手指甲上有坑和竖纹应该是严重缺乏微量元素引起，平时饮食要营养搭配均衡，多吃些含钙和维生素比较高的食物，多喝牛奶，可口服钙片加多种生素片，按疗程服用，会对症状有所改善。