恶性的贫血，手部的慢性湿疹，银屑病，扁平苔癣等皮肤病，病程较长会导致指甲变形，出现凹陷以及顶针甲等情况的。另外甲营养不良，咬甲癖也会导致指甲出现凹陷和凹凸不平的情况的。
手指甲凹陷是一种常见的甲畸形，多称作匙状甲或反甲，以甲板变薄，中央凹陷而周围隆起呈匙行为特征。可能是工作时长时间接触强碱性肥皂或石油产品所导致的。也可能是某些皮肤病如湿疹、扁平苔藓、冻疮、黑棘皮病、斑秃等，以及一些系统性疾病如甲状腺功能亢进或低下、梅毒、冠心病、风湿热、伤寒等导致的手指甲凹陷的现象。
手指甲凹陷是由于平时缺丐导致的，也有可能是由于体内微量元素及维生素缺乏有很大的关系，可以做一个微量元素化验一下，吃些含钙量含蛋白质丰富的食物，同时要注意卫生的清洁，可以做一些户外的运动，加强自身的免疫功能。
可能是由于缺乏微量元素引起的，还可能是由于肝肾功能缺乏、贫血、体内有淤血而引起的。但是也不排除指甲受到一些外伤而造成的。同时还可能是由于甲沟炎、心脏病等引起的一些病发症。
钙缺乏、铁缺乏、锌缺乏等，但它不是绝对的。根据其他表现，可以适当补充钙、锌，多吃富含铁的食物，注重强化营养，合理膳食结构。每年至少检查一次，看看是否贫血，是否缺乏维生素和矿物质。
手指甲出现凹陷，主要是血虚引起的，一般见于贫血或者之前得病引起的营养不良。中医认为肝主筋，其华在爪，指甲凹陷主要是由于血虚不能营养筋脉引起的。可以适当的考虑补血养血治疗，平时可以多吃一些大枣和桂圆类的食物调理。