一般情况下，婴儿蛋白过敏症的最佳处理方式是寻找致敏源，进行回避治疗。具体分析如下：
对乳蛋白有敏感反应的婴幼儿可以口服纽康特婴幼儿专用的氨基酸配方。可逐步向深层水解型的方向发展，常用的是纽太特、惠氏、雀巢，然后是水解型和普通型的。除以上饮食方面的介入，可以口服盐酸西替利嗪、开瑞坦等抗过敏药，同时要避免出现不良反应。具体使用方法，建议与医生进行面谈。
避免吃蛋白质，可以使用药物进行治疗，蛋白质过敏俗称食物过敏，过敏原可能为牛奶、鸡蛋、海鲜等，可能随其年龄的增长，逐渐产生一定的耐受性，可少量摄入牛奶或鸡蛋。蛋白质是人体的主要成分之一，主要参与身体的各种代谢过程，确保身体的生长、发育、繁殖、遗传和能量供应。它也是更新和修复组织和细胞的主要原料，是人类必需的七种营养素之一，起着特殊而重要的作用。
宝宝蛋白质过敏，首先应该降解过敏抗体，但是这种方法是需要时间的，首先需要进行确诊宝宝过敏源是哪种，在确诊之后应该完全停止食用，该食物这样可以完全阻断过敏源，其次就是口服脱敏疗法，这种方法就是以毒攻毒，可以让宝宝对过敏的食物少量服用，慢慢增加饮食量，持续两到三个月，宝宝就会适应食物，并正常食用。
蛋白质过敏最好的办法，一定要找准过敏原，如果说过敏原非常的明确，那么就应该及时的停止，食用相关过敏的食物，避免身体摄入这类食物导致蛋白质过敏，如果出现了蛋白质过敏，可以用抗过敏药物缓解不适症状。
婴儿蛋白质过敏时首先应饮食回避相应的蛋白质，比如鸡蛋、鱼、虾过敏等，尽量不吃过敏的食物；若是牛奶蛋白过敏，可以食用部分水解奶粉、深度水解奶粉、游离氨基酸奶粉，根据婴儿牛奶蛋白过敏的严重程度、家庭经济情况选择适合的奶粉。
首先要远离过敏源，然后多吃些营养丰富的食物，促进体内营养成分，提高机体免疫力，有利于抗过敏因素。因为蛋白质过敏，主要是由于食物中的某些物质而进入体内，被免疫系统当成入侵病原，而免疫系统便释放出一种特异性免疫球蛋白，导致过敏的现象。