艾滋病晚期除要继续进行抗病毒治疗外，还要对长期用药后的各种不良反应，各种机会性感染和肿瘤进行针对性治疗。对艾滋病患者在经过抗病毒治疗后，免疫功能恢复过程中出现了一些临床综合症进行对症治疗，严重者可应用激素或非类固醇抗炎药控制。对各种机会性感染，采用相应的针对性治疗措施，针对患者出现的耐药现象，及时更换药物。
婴幼儿的免疫系统还未发育完全，体内的病毒含量较高，若不进行抗逆转录病毒疗法，其发展速度会快于成人。新生儿艾滋病的治疗要克服自己的吃药问题，选用适宜于婴幼儿的剂型，比如口服剂型，可以在制剂室内配制，用葡萄糖液、蒸馏水稀释后，按照规定的用量服下。
在使用抗病毒药物后，要注意观察身高、体重、头围等，以反映自身的生长状况，并适当的调整用药。要定期进行血常规、肝肾功能的检测，以了解药物的副作用，如果出现不耐受的情况，应立即进行替换。
由于婴幼儿的免疫系统尚未发育，感染后病毒载量较高，病毒在高水平的复制停留期较长，因此，感染后患儿病情进展较快，出现机会性感染的几率较高。因此要对婴儿进行逆转录病毒的治疗。首先要确定适合小儿的用药，可以选用较小的药片或口服液，便于小儿吞咽，并在不影响药效的情况下添加少量的其它食品来提高药品的口味。可以选择小儿治疗，可以选择齐多夫定+拉米夫定+奈韦拉平，同时要注意控制体重。
一般情况下，小孩艾滋病皮疹应针对病因进行相应的处理，具体分析如下：
初期的窗口期皮疹主要是对症观察，可以选用炉甘石、丹皮酚等对症进行对症处理，一般是因为多种细菌感染导致的皮疹，一般采用抗真菌、抗细菌的克霉唑、莫匹沙星软膏等抗真菌、抗细菌的药物，在处理皮疹的时候要尽量不要搔痒，防止出现局部溃烂，形成难看的斑点，还可以服用转移因子胶囊来增强自身免疫力。
艾滋病可以通过抗病毒药物来治疗。在治疗过程中，通常还会监测HIV病毒载量和CD4+T淋巴细胞数，通过这两个指标可以了解病毒控制的程度、以及免疫系统受损程度和治疗效果。
