扁平疣个数少者可以外涂抗病毒软膏治疗，如果个数较多，受损皮肤面积较大，可以用皮下埋植自体免疫疗法治疗，可以根除。一般埋植后2个月会自行脱落，如果4个月不愈者，可以再埋植一次，还可以激光治疗。
扁平疣的治疗主要采用外用药物治疗和物理治疗，物理治疗包括冷冻、电灼、刮除和激光等，适用于皮损数目较少者。内用药物治疗，目前尚无确切有效的抗人类乳头瘤病毒治疗药物，可试用免疫调节剂。
扁平疣通常情况下可以在医生指导下通过外用维a酸软膏、他扎罗汀乳膏、激光等方式治疗。
1.外用维a酸软膏：扁平疣一般情况下可以把维a酸软膏直接涂抹在扁平疣上面，能用于促进表皮脱落，对扁平疣有一定效果。
2.他扎罗汀乳膏：扁平疣做完清洁之后可以在医生指导下外用他扎罗汀乳膏，能达到修复扁平疣作用，可以达到去除扁平疣目的。
3.激光治疗：扁平疣可以到正规医院皮肤科做激光治疗，通过光热效应可以达到去除疣体作用，达到去除扁平疣效果。
治疗办法有，药物治疗，物理治疗，包括冷冻及激光治疗。激光、冷冻等，治疗方针，根据病情的严重程度选择适宜的治疗措施，控制症状，提高患者生活质量。若不及时治疗会累及更多的皮肤，也可能传染给家人朋友。扁平疣患者要多吃蔬菜、水果，补充多种维生素，这样对于扁平疣患者的皮肤较好。
一般情况下，眼袋上的扁平疣，可以通过物理治疗、日常护理等方法进行治疗。
1.物理治疗：扁平疣是一种常见的疾病，多见于青春期，可以通过冷冻和激光来进行治疗，颜脸部的眼袋要注意美观，选择激光治疗不会留下疤痕。
2.日常护理：术后和术前要调整自身的免疫功能，多吃些蔬菜、水果，多补充一些维生素，注意睡眠，避免手术的伤口感染，结疤之后不可以用手撕开，让疤痕自行掉落。