如果皮下囊肿非常小，则不予治疗。这种囊肿对身体没有影响。如果它们相对较大，需要通过手术切除和治疗。只要移除所有囊肿，它们就完全治好，这比药物治疗强得多。因此，手术治疗是囊肿治疗的首选。
皮下囊肿是一种比较常见的体表良性肿瘤，有些是先天性发育异常造成的，也有些是外伤等原因造成的，外用膏药治疗是没有效果的。皮下囊肿如果较小，可以暂时不用进行治疗，如果皮下囊肿进行性增大或者是出现疼痛等压迫症状，可以采取手术的方法切除治疗。
皮下囊肿可能会癌变，但概率极小。
如果皮下囊肿患者有囊性畸形，那么恶性的可能性较大，一般都是良性的。皮下囊肿切除后需要做好组织切片检查，主要是皮脂腺囊肿，皮样囊肿，皮样囊肿等。通常情况下，头部、面部、筋、躯干等都需要外科手术，如果不是感染或者囊肿，可以完全切除。局部皮肤要不要切掉，要看与周边的肌肤情况。当然，部分缺损的皮肤是可以避免再次出现的，这要看其体积，如果是比较大的，可以尽可能的保存周边的肌肤。
皮下囊肿为良性的属于外科疾病。如果囊肿较小，可以定期复查的，如果要除根需要行手术切除的治疗。避免刺激，越刺激长的越快，要在感染前外科手术治疗。在感染前进行手术治疗将囊肿可以完整的剥离出来，如果囊肿表面已经有波动感说明已经合并了感染，手术不易剥离完全，残留的囊肿壁可以复发的。
皮下囊肿好发于头皮、颈部及臀、背部，是一种真皮内含有角质囊肿。系因外伤将表皮植入皮下而成。其囊肿壁为上皮结构，但基底细胞层为囊壁外层。角质层为囊壁内层并充满角质物于腔内，及时的挂个皮肤科，症状体征确定是否是皮下囊肿。
