确诊灰指甲后平时应该注意卫生，也可以进行手术拔甲，为了避免传染其他指甲，用过的物品必须进行彻底的消毒，并且按时涂正规抹抗真菌的药物，平时要多加强营养，多吃一些含蛋白质、维生素的食物。
灰指甲用药都是可以治好的，基本上根据它受损坏的程度来选择方案的，如果指甲受损坏三分之一的话，用外涂药水，涂三到六个月，如果是指甲受损坏程度超过三分之一的话，可以用口服药物，口服药物基本上是用三个月左右时间，基本上都能够治好。
治疗灰指甲可以采用手术拔甲的方法，但是它只适于单发的灰指甲，在局部麻醉下，将患甲拔除。这种方法创面大，出血，易引起感染。手术后一般会感觉较疼痛，容易重新感染复发，由于“治标不治本”，临床极少使用。由于考虑到灰指甲是由于真菌感染引起的，所以病人要十分重视指甲的卫生，不给真菌滋长的机会。
手术拔除是比较常见的治疗方法，适用于单发的指甲，治疗范围是有限的。如果是多个指甲都患有灰指甲，这样就不适合用手术进行拔除了，可以用外用药物来治疗。按时使用修复液。
主要是采用外科治疗为主，先软化或者是去除病甲以后，然后涂以抗真菌的软膏，也可以用30%的冰醋酸溶液。高蛋白的饮食是维持健康指甲所必需的食物，灰指甲患者应该多吃一些含有高蛋白的食物，如蛋黄、燕麦片、核果、种子、谷物、豆制品都富含蛋白，是蛋白质的好来源。