可口服药物，如果病情严重可以去医院进行治疗，扁平疣是由病毒引起，多见于青少年，好发于面部、手背、皮疹大多突然出现、为针头至绿豆大扁来丘疹、呈皮肤色或浅褐色、表面光滑、境界清楚、数目较多，有时沿抓痕呈线条状排列。一般无自觉症状或有微痒，有时可自行消失，愈合后不留疤痕。病程慢性，可达数月或数年。
服用免疫调节药物，并在局部皮肤上涂抹药物和抗病毒软膏。扁平疣主要由病毒感染引起。这种疾病很顽固，治疗后可能会复发。同时，这种疾病具有传染性。首先，必须注意皮肤清洁和卫生，多锻炼，增强免疫力。
扁平疣可以药物、手术、物理的方法能去掉。
常用的药物包括维A酸软膏，干扰素凝胶，咪喹莫特乳膏等。手术是植入皮下脂肪层中，刺激人体释放细胞因子并产生抗病毒抗体，清除表皮扁平疣。物理治疗包括冷冻治疗、激光治疗等。
病人需要在医生的指导下服药，切忌自己服药。
治疗方法有以下两种，药物治疗：西医治疗扁平疣一般多会以药物为主，药物治疗扁平疣多从抗病毒、增强免疫功能方面下手。激光治疗：是目前治疗扁平疣比较常见的一种方法，激光治疗扁平疣在临床有较大优势，激光治疗的方法可以作用到疣体基底，被黑素颗粒吸收，使之凝固破裂和气化。
扁平疣的治疗方法有外用药物治疗，物理治疗，扁平疣的发病原因不同，扁平疣的治疗方法也有所不同，在治疗的时候一定要选择适合自己的治疗方法，不管用什么方法，都要确保在正常皮肤组织不受损伤的情况下进行治疗。