婴幼儿的免疫系统还未发育完全，体内的病毒含量较高，若不进行抗逆转录病毒疗法，其发展速度会快于成人。新生儿艾滋病的治疗要克服自己的吃药问题，选用适宜于婴幼儿的剂型，比如口服剂型，可以在制剂室内配制，用葡萄糖液、蒸馏水稀释后，按照规定的用量服下。
在使用抗病毒药物后，要注意观察身高、体重、头围等，以反映自身的生长状况，并适当的调整用药。要定期进行血常规、肝肾功能的检测，以了解药物的副作用，如果出现不耐受的情况，应立即进行替换。
由于婴幼儿的免疫系统尚未发育，感染后病毒载量较高，病毒在高水平的复制停留期较长，因此，感染后患儿病情进展较快，出现机会性感染的几率较高。因此要对婴儿进行逆转录病毒的治疗。首先要确定适合小儿的用药，可以选用较小的药片或口服液，便于小儿吞咽，并在不影响药效的情况下添加少量的其它食品来提高药品的口味。可以选择小儿治疗，可以选择齐多夫定+拉米夫定+奈韦拉平，同时要注意控制体重。
一般情况下，小孩艾滋病皮疹应针对病因进行相应的处理，具体分析如下：
初期的窗口期皮疹主要是对症观察，可以选用炉甘石、丹皮酚等对症进行对症处理，一般是因为多种细菌感染导致的皮疹，一般采用抗真菌、抗细菌的克霉唑、莫匹沙星软膏等抗真菌、抗细菌的药物，在处理皮疹的时候要尽量不要搔痒，防止出现局部溃烂，形成难看的斑点，还可以服用转移因子胶囊来增强自身免疫力。
艾滋病可以通过抗病毒药物来治疗。在治疗过程中，通常还会监测HIV病毒载量和CD4+T淋巴细胞数，通过这两个指标可以了解病毒控制的程度、以及免疫系统受损程度和治疗效果。
艾滋病的治疗药物治疗抗病毒是艾滋病治疗的关键，采用高效抗逆转录病毒联合疗法，大大提高了抗HIV的疗效艾滋病前期或已发展为艾滋病的病人，应根据病情注意休息，给予高热量、多维生素饮食。不能进食者，应静脉输液补充营养，加强支持疗法。
