眼部扁平疣一般会自行愈合。
扁平疣是由病毒感染引起的，有传染性可自行接种，扁平疣有轻微的瘙痒，搔抓后再接触其它部位的皮肤，有可能出现新的疣体长出。患处擦维A酸乳膏、氟尿嘧啶软膏、病毒灵、异维A酸胶囊等。在治疗过程中要注意不能吃辛辣刺激性的食物，平时可以多吃一些清淡的食物，尽量不要去搔抓，要多运动，提高身体的免疫力。
需注意，眼部扁平疣一般持续1-3年，建议早期发现早治疗。
一般情况下，眼部扁平疣能治愈，具体内容如下：
眼睛扁平疣一般是人体受到病毒感染引起的，所以扁平疣是一种具有传染性的疾病。一般都是在眼睛周围出现，如果不小心搔抓会引起疣体的蔓延，可以在医生指导下使用维甲酸乳膏、干扰素凝胶、咪喹莫特软膏等涂抹在患处，进而可以起到治疗作用。并且患者在治疗之前要把毛巾、脸盆等与别人隔离起来，避免相互传染。
扁平疣是一种人乳头瘤病毒感染导致的皮肤病，多见于青年，好发于面部，手背等部位。眼部的扁平疣治疗一般是可以采用二氧化碳激光烧灼治疗的，另外还可以考虑冷冻治疗，或者中药五妙水仙膏点涂腐蚀。但是眼部的皮肤比较薄嫩，操作时要注意避免刺激，治疗后要保护好创面，自然愈合，一般是不会留下瘢痕的。另外如果患了扁平疣，切忌搔抓，因为搔抓会引起自体传播，导致数量增多。
治疗方法有很多种，可以选择免疫调节剂以及抗病毒的药物或者局部激光等治疗措施。有这种疾病一般是不会导致疼痛的，只是皮肤粘膜凸出皮肤.和皮肤颜色一样的一种皮疹。如果伴随疼痛的话，有可能是属于带状疱疹，需要到医院去看看。
目前扁平疣几种治疗方法：1口服中药.由于从口服到内脏吸收到达皮肤，药力损耗大，这种口服中药运用扶正祛邪的原理，不是直接杀灭病毒，所以效果并不理想，并且要长期连续服用几十天，一般人很难坚持.2注射激素.西医治疗扁平疣主要注射激素来提高人体免役功能.3采用激光铲除的方法.即使当时铲除了，往往过了几个月扁平疣还会重新发出来。
扁平疣是由瘤病毒感染引起的，常见皮肤病，与降低免疫功能、皮肤擦伤或抓伤有关。扁平疣的治疗需要很长时间，所以需要耐心和毅力来坚持。当治疗时，必须选择正规的医院，这样才能保证治疗效果。