肛门湿疹的治疗方法是比较多的，可以通过外用药物的方法进行治疗，可以通过使用口服药物的方法控制病情的发展，这样双管齐下，对疾病的治疗有很好的效果，可以短时间内缓解症状。
肛门湿疹可以使用清洗的药物坐浴，涂抹外用尿素药膏进行治疗。肛门湿疹是因为局部长期潮湿，受到摩擦等不良刺激造成的，恢复较慢，治疗后容易复发。要生活规律，适当参加体育锻炼，不要搔抓刺激肛门周围皮肤，清淡饮食，多吃蔬菜和水果。
寻找可能的诱因，对症治疗，可以使用抗过敏的药物治疗；对于局部皮疹可以使用药物起到收敛、止痒的作用，也可以用3%硼酸溶液作冷湿敷；平时避免熬夜，适当的运动，劳逸结合，增强体质；营养方面，多食豆制品，鱼、蛋、瘦肉等含蛋白质丰富的食物及新鲜的瓜果蔬菜，避免吃辛辣刺激性的食物。
缓解肛门湿疹感尽可能寻找病因，故需对病人的工作环境、生活习惯、饮食、嗜好及思想情绪等作深入的了解，并对全身情况进行全面检查，有无慢性病灶及内脏器官疾病，以除去可能的致病因素。避免各种外界刺激，如热水烫洗、暴力搔抓、过度洗拭以及其他对病人者敏感的物质如皮毛制品等。
注意调整饮食，注意忌食辛辣刺激，避免进食易致敏的物品，如酒类，海鲜贝类食物应禁用、以清淡饮食为好；尽量减少外界不良刺激、如手抓、外用肥皂、热水烫洗等；衣着应较宽松、轻软，避穿毛制品或尼龙织品。用湿疹膏擦患处试试。
肛门湿疹可以外用疗法，原则与接触性皮炎的治疗相同。看皮损情况选用适当剂型和药物。对小范围亚急性湿疹应用糖皮质激素霜剂，糖皮质激素的口服或注射不宜使用，激素虽对消炎、止痒及减少渗出的作用较快，但停用后很快复发，长期应用易引起许多不良反应。