抗病毒治疗，一般主张联合应用药物进行抗病毒治疗，最大程度的抑制病毒，重建或者维持免疫功能，降低病死率，提高患者的生活质量，减少艾滋病的传播。免疫重建治疗，骨髓移植、胸腺移植及淋巴细胞注入等免疫重建疗法，在艾滋病的治疗中均有积极作用。
艾滋病可以通过抗病毒药物来治疗。在治疗过程中，通常还会监测HIV病毒载量和CD4+T淋巴细胞数，通过这两个指标可以了解病毒控制的程度、以及免疫系统受损程度和治疗效果。
婴幼儿的免疫系统还未发育完全，体内的病毒含量较高，若不进行抗逆转录病毒疗法，其发展速度会快于成人。新生儿艾滋病的治疗要克服自己的吃药问题，选用适宜于婴幼儿的剂型，比如口服剂型，可以在制剂室内配制，用葡萄糖液、蒸馏水稀释后，按照规定的用量服下。
在使用抗病毒药物后，要注意观察身高、体重、头围等，以反映自身的生长状况，并适当的调整用药。要定期进行血常规、肝肾功能的检测，以了解药物的副作用，如果出现不耐受的情况，应立即进行替换。
由于婴幼儿的免疫系统尚未发育，感染后病毒载量较高，病毒在高水平的复制停留期较长，因此，感染后患儿病情进展较快，出现机会性感染的几率较高。因此要对婴儿进行逆转录病毒的治疗。首先要确定适合小儿的用药，可以选用较小的药片或口服液，便于小儿吞咽，并在不影响药效的情况下添加少量的其它食品来提高药品的口味。可以选择小儿治疗，可以选择齐多夫定+拉米夫定+奈韦拉平，同时要注意控制体重。
如果另一方患有艾滋病，而针头粘住自己，皮肤损伤需要紧急治疗。首先，患者需要向当地疾控中心报告，疾控中心将指导服药。服药一个半月后，应进行检查，5次检查后方可排除。不要私下处理。艾滋病可以通过血液传播。
