扁平疣的治疗方法有药物治疗，物理治疗，可以按照医嘱进行治疗。扁平疣是一种由疣病毒感染引起的良性皮肤赘生物。主要是通过直接接触传染，但是也可通过污染物，如针、刷子、毛巾等间接传染。另外，外伤也是引起传染的重要因素。
扁平疣的最佳治疗方法是皮下埋入术。皮下埋入术是一种有创性的治愈，能够让身体产生一些对于人类乳头瘤病毒的抗体，使身上已经生长的扁平疣自行的吸收或者脱落。
治疗扁平疣的物理治疗包括冷冻、电灼、刮除和激光等，适用于皮损数目较少者。内用药物治疗，目前尚无确切有效的抗人类乳头瘤病毒治疗药物，可试用免疫调节剂；中药以清热解毒，散风平肝，散结为治则，有时可获得较好的疗效。
不存在扁平疣的最佳治疗方法，较好的治疗方式是冷冻治疗、药物治疗等。
1、冷冻治疗：扁平疣是由人乳头瘤病毒感染皮肤黏膜所引起的良性赘生物，是疣的一种，冷冻治疗是利用液氮将局部组织快速冷冻起来，破坏组织细胞，使皮损部位坏死或是脱落，直至疣体去除。价格为1000-3000元/疗程，恢复期为1个月左右，恢复后可以化妆和护肤，具体价格受到地域消费水平、医院级别等因素的影响。
2、药物治疗：患者可以在医生的指导下使用鬼臼毒素软膏、咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶乳膏等药物来治疗，这些药物可以抑制培养的正常人皮肤角质形成细胞，避免病情发展。
治疗扁平疣的方法可以采用内外合治法。外治的方法通常包括冷冻治疗、激光治疗、药物治疗、火针治疗等。外治药物大多具有腐蚀性，使用不当反而容易留下色素沉着，所以使用时应慎重。
