不会太严重，肛门疣可以局部治疗配合全身抗病毒治疗。局部采用激光，冷冻，药物烧灼等祛除疣体，全身服用药物治疗。对于较大的，发展快的肛门疣应行手术治疗，并作病理检查以防癌变。
肛门疣初发为柔软的淡红色小丘疹，为肉质赘生物，可逐渐增大，表面颗粒状增殖而粗糙不平，或互相融合呈菜花状，有传染性。要到正规医院做一下相关检查，结合药物治疗效果更好。
肛门里面长疣是属于肠息肉的范畴。肠息肉是指肠黏膜表面突出的异常生长的组织，在没有确定病理性质前统称为息肉，有一定遗产家族史。其发生率随年龄增加而上升，男性多见，以结肠和直肠息肉为最多。大多数肠息肉没有典型症状，可能会伴有间断性便血或大便表面带血，多为鲜红色。息肉数量较多时，会产生肠道刺激征，会出现里急后重、粘液便等。治疗以肠镜下切除为主。
肛门疣好转的症状主要是肛门疣慢慢变软变平变薄，越来越不疼，颜色也越来越淡，患处伤口越来越小，慢慢长出自然的皮肤纹理，当然严重破坏到皮肤深层的肌肉的有可能会有疤痕，有些情况下也有可能出现突然足底局部皮肤发红、皮疹扩大、同时还有瘙痒等反应，这些都是好转的表现，那么这就表明病人快康复了。
肛门疣的症状表现为菜花样的赘生物，表面高低不平，质地柔软。病初为淡红或污红色粟状大小赘生物，性质柔软，顶端稍尖，后逐渐长大活增多。平时要注意个人卫生，尽量不去公共场所洗澡、游泳；治疗期间避免性生活，性伴侣同时检查和治疗；杜绝不洁性生活。