1、洁身自好，避免不洁性接触、提倡使用避孕套。2、注意在公共场所的自我保护，尤其是女性，提倡淋浴、不直接坐在公共浴池、游泳池的坐椅、座式马桶等。3、讲究卫生，注意勤换洗内裤，不使用他人的盆具、泳衣、毛巾，上厕所前一定要洗手防止病毒沾染。4、内衣、床单以及其分泌物污染的用具可用煮沸或消毒液浸泡法消毒。在疱疹活动期，禁止性生活，以免被病毒传染。5、性伴侣一方患病时，另一方也及时前往医院检查治疗。
男性生殖器疱疹主要由单纯疱疹病毒感染引起。理论上，可以由当地人民医院或中医医院、皮肤科和泌尿科治疗。可以选择抗病毒药物、阿昔洛韦或伐昔洛韦乳膏或口服药物联合治疗。这两者需要一起使用，然后可以调整免疫力。
中药配合使用能使体内产生，阻断生殖器疱疹病毒DNA的复制，就象给人结扎了一样，使其不能产生新的病毒，从而彻底清除生殖器疱疹病毒。传统中药穿山甲、败酱草、赤芍、铁胆粉、板蓝根、生地、茵陈等。
苦瓜饮：取一定量的新鲜苦瓜绞汁后，用开水冲服。在生殖器疱疹食疗方中，适用于中医辨证中的毒热夹湿、阴部疱疹患者，具有较为良好的清热解毒利湿的功效。长期服用也可以达到辅助治疗的效果。
病毒培养自水泡底取标本，女性还可从宫颈部位取材，作组织培养分离病毒，此法敏感，结果特异，为诊断的金标准。但此法所需技术条件高，从接种到做出鉴定所需时间为3～5天。培养的阳性率为60%～90%。因此培养阴性不能除外生殖器疱疹。
