生殖器疱疹感染后平均约4～5日后发病，外阴患部先有灼热感，即发生成群丘疹，可为一簇或多簇，继之形成水疱。数日后演变为脓疱，破溃后形成糜烂或浅溃疡，自觉疼痛，最后结痂自愈，病程约2～3周。女性发病于大小阴唇、阴蒂或宫颈处，呈现集簇性分布，先为红色丘疹，可变成小水疮，疱疹半透明，内含黄色液体，抓后极易破溃糜烂，可灼热疼痛，也可能出现继发感染，腹股沟淋巴结肿大，有压痛，但多不化脓。
生殖器疱疹初期症状是有局部的小红点，逐渐发展为三个到十个的小水泡以后逐渐浑浊，破溃自身感染的状态，要注意的就是生殖器疱疹的传染性非常强，由于发生的位置在皮肤位置，所以近期不要有性生活。
生殖器疱疹是在生殖器部位起的疱疹，所以，生殖器疱疹的症状一般是在生殖器的部位，一般在皮肤和黏膜的交界处出现的红斑，这些红斑经过一段时间就会变成水泡，由于这个水泡的泡壁比较薄，水泡泡壁会破裂，会形成浅的糜烂，有些人可以形成溃疡。
生殖器疱疹早期多发生在皮肤和粘膜的交界处，先是局部皮肤轻度发红，有轻度发痒和烧灼的感觉，很快在红斑基础上发生3个-10个成群的红色丘疹，伴有瘙痒，丘疹很快变成小水疱，3天-5天后变为脓疱，破溃后形成大片的糜烂和溃疡，自觉疼痛，最后结痂愈合。
生殖器疱疹的早期可能会出现局部疼痛、瘙痒或者是针刺烧灼感，但是往往并不会持续很长时间，皮肤上会随即比较快的出现小水疱，呈簇状存在，出现水疱以后往往会在两天左右出现破溃，在水疱出现以后，会伴有剧烈的疼痛感。
感染主要发生于生殖器部位，患部先有烧灼感，很快在红斑的基础上发生成群的小水疱，多见男性包皮，龟头，冠状沟，阴茎等处，偶见于尿道;女性常见于阴唇，阴蒂，阴道，宫颈等处，水疱可逐渐变成脓疱。