儿童疱疹性咽颊炎基本上是由柯萨奇病毒引起的，所以选择的药物应当是针对这种病毒，越早治疗效果越好。平时在生活中也要注意孩子的饮食习惯，多吃水果蔬菜，少吃辛辣和生冷的食物。
疱疹性咽峡炎，主要症状是以发热、口腔及咽峡部疱疹，疱疹破溃后引起口腔溃疡为主要特征。疱疹性咽峡炎好发于1-7岁儿童，是以肠道病毒感染为主的急性感染性疾病。疱疹性咽峡炎由于是病毒感染。
注意口腔卫生保持口腔清洁.可用淡盐水漱口，口服维生素C及B等.收起药物治疗对于轻，中度发热，以物理降温为主体温超过38度时，可给予布洛芬等退热药，有高热惊厥及严重肌痛者，可适当给予镇静剂和止痛剂。
一般情况下，疱疹性咽颊炎可能会自愈，具体内容如下：
疱疹性咽峡炎主要是因为肠道病毒感染而导致的，这种情况下，只要患者的心理状况良好，没有任何的副作用，就会逐渐的痊愈，不过一般需要3-5天的时间。尽量不要食用辛辣的东西，以免引起患者的痛苦，要多食用富含维生素c的食品。最重要的是要让患者多休息，多饮水。
小儿疱疹性咽颊炎是一种常见的急性传染病、发热性疾病，常见的发病季节为夏、秋季，主要是由于A组柯萨奇病毒和其它肠道病毒。可以从临床表现、特征性、口腔损害等方面做出诊断，较好的方法是从损害部位，分离出病毒，或用特征性抗体，提高滴度。
临床上常见的鉴别方法包括疱疹性口腔炎，其特征是在任何季节都可发生，溃疡较大，持续时间较长，溃疡持续时间较长，柯萨奇型感染时行病毒也可导致相似的症状，但口咽损伤明显，表现为白色至黄色的结节。
治疗以对症为主，病史表现，此倾向有流行倾向，多见于婴儿，多发于夏秋季，发病以高热、咽痛、烦躁不安、厌食呕吐、全身不适、吞咽困难、精神萎糜等。
小孩患疱疹性咽颊炎会传染，因为小孩们的免疫力普遍比较低，如果频繁接触外界的刺激以及到人多的地方容易造成再次感冒复发的可能。有时间可以多带小孩到户外活动，增强小孩的免疫力还需保持室内空气的通风。