这两种疾病都是由于病毒引起的，扁平疣是位于面部而寻常又是位于身体其他部位，扁平疣主要好发于面部，或者手背，表现为扁平小丘疹，表面光滑，淡褐色至正常肤色，治疗可以使用相应的抗病毒药物。
寻常疣和扁平疣都是由人乳头瘤病毒引起的。但由于其感染的种类不同，其临床表现也不同。
扁平疣是一种豆粒大小的扁平丘疹，通常是豆子大小，也就是芝麻大小。寻常疣通常是花生米大，稍大一点，小一点的则是豆子。这种皮肤比较大，比较粗糙，比较坚硬的那种。常见的是寻常疣。两者的症状相同，都是乳头瘤病毒，但症状不同。
和扁平疣的区别就是他们的疣体是不太一样的，扁平疣一般是不突出来的，但是扁平疣是突出来的。如果说有平常疣的话，当地的正规医院进行物理治疗，可以配合做一些液氮的冷冻疗法，都可以，就是要注意个人的饮食，一般有疣体的话尽量不用吃刺激性的食物。
寻常疣与扁平疣都是由人体乳头瘤病毒感染引起，但是感染类型不同的，寻常疣和扁平疣分别由人体乳头瘤病毒二型和三型所致，而且表现也是不一样的，发病部位也不尽相同。
扁平疣和寻常疣都是由人类乳头瘤病毒感染引起的皮肤表面的良性赘生物，两者共同之处均为大小不等边界清楚的扁平状丘疹，轻度高起皮肤表面，呈圆形、椭圆形或多角形。所不同的是扁平疣表面光滑，而寻常疣表面粗糙不平。
扁平疣和寻常疣都是病毒感染引起的疾病，点评主要表现为面部或者其他部位出现扁平丘疹，淡褐色至正常肤色，表面光滑，可以逐渐增多，有一定的自体传染性，经常有表现为发作部位出现表面粗糙的，典型的皮疣是米粒至黄豆大的扁平隆起性的丘疹，圆形或者是椭圆形表面光滑或者质硬。综上所述寻常疣和扁平疣的区别还是比较典型的，但在治疗上采用的方法基本上都是一样的。