治疗甲癣可以选用各种抗真菌的外用药膏进行治疗较好，另外也可以采用激光治疗，激光具有高靶向性、高能量的特点，能使病甲局部接受较高密度的能量并能够对病原菌有一定的抑制作用。
甲癣可以每天进行口服抗真菌药物治疗，通过血液再循环到指甲并且进入甲板，这样才能够让指甲里边的抗真菌药达到一定的浓度，只有这样效果才会比较好。另外还可以采取冲击疗法。
出现甲癣可以采用外科手术进行切除病甲治疗，只适用于单个的甲癣。也可以采用激光，激光是一种新型的治疗方法，照射病甲，就可能把真菌杀死，而且还不会破坏正常的组织，是目前效果较好的治疗方法。
封包削法：将软膏涂于患甲上封包起来，待软化后削治。对已被真菌侵犯的变形、增厚的甲板予以削法，即去除增厚的、松脆的、凹凸不平的或有灰白色斑点的甲板，以得抗真菌药物直接发挥作用。此法一般无出血，不易感染，也很少引起疾病，无副作用，在短期内可将残存在甲床上的甲屑削治干净，这是一个很好的灰指甲治疗方法。
适于单发的指甲，局麻下，将患甲拔除。这种方法创面大，出血，易引起感染。手术后一般会感觉较疼痛，容易重新感染复发，临床现已较少使用。心脏病、高血压、糖尿病等病人，不宜手术治疗。
