传统的手术、药物、激光等物理疗法只能清除表面的疣体，并不能彻底将病人体内的病毒排除体外，反复地复发，从而导致病情加重。但是随着科学技术的不断进步与发展，目前出现了一种较科学的治疗方法能彻底清除体内病毒，快速治疗不反复。
尖锐湿疣产生的抗体一般无耐药性，无功能作用，检测是否感染相关抗体不准确，临床实验未证实，抗体检测非常困难。效果不高。很容易漏诊和误诊，所以只有通过病因检查才能明确诊断。抗体产生时间为两周。
尖锐湿疣属于病毒性皮肤病，确实容易复发，如果杀毒彻底，尖锐湿疣也不会复发的，可以使用植物杀毒水，通过皮肤疣体杀毒来使疣体脱落，病毒清除后基本不会复发，痊愈率比较强。
尖锐湿疣常用的治疗方法有激光、冷冻、电凝、药物等，但复发率都比较高。目前好的治疗方法是光动力疗法，原理是光敏剂与病变组织结合，在光的作用下产生单线态氧，导致病变组织崩解死亡。建议治疗期间的情况下，一定要注意多锻炼身体的，建议早发现早点去处理治疗的，可以通过性生活交叉感染给性伴侣的。
孕期有尖锐湿疣主要是进行冷冻治疗。
疣病毒感染是导致尖锐湿疣的主要原因，由于身体的抵抗力和免疫力低下，孕期可能加重病情。尖锐湿疣患者若采取阴道分娩，新生儿也可能出现感染的情况，尖锐湿疣还可能导致宫腔感染，因此孕期患尖锐湿疣，要根据医生指导慎重选择是否还能继续妊娠。若疣体较大建议做好终止妊娠的心理准备。
肛内尖锐湿疣可以通过药物和物理手段来治疗。
尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的，初起为细小淡红色丘疹，随着病情发展会逐渐增大增多，呈单个或群集分布，湿润柔软表面凹凸不平，多呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起。对于肛内尖锐湿疣的治疗，还是以局部去除疣体为主。患者可以在医生指导下使用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素软膏等药物缓解症状。对于病程较久或疣体较大的患者，可以前往医院通常液氮冷冻术或激光手术以及外科手术切除等方式来治疗。