主要发生于生殖器部位，患部先有烧灼感，很快在红斑的基础上发生成群的小水疱，生殖器疱疹潜伏期症状多见男性包皮、龟头、冠状沟、阴茎等处，偶见于尿道;女性常见于阴唇、阴蒂、阴道、宫颈等处。水疱可逐渐变成脓疱，约6天左右破溃而形成糜烂或浅的溃疡，自觉疼痛。病人可发生尿道炎，出现排尿困难。
潜伏期的情况下说明是病菌没有在活动，只是感染到这个病毒的，是没有症状的。可以去医院皮肤性病科抽血化验，看看有没有这个病毒存在的，如果有的情况下口服抗病毒的药物。在生活中注意饮食。
生殖器疱疹在生殖器粘膜局部会出现一些变化，如丘疹、水泡等，并伴有局部瘙痒和灼痛症状，生殖器疱疹是一种性传播疾病，应该及时到性皮肤科进行全面检查，进一步确定病因，对症进行治疗。
生殖器疱疹的平均的潜伏期，一般是在两周到两个月之间。如果有过高危性行为的话，可以注意观察生殖器的情况，如果没有水泡疼痛，溃疡的症状，两个月以后应该就没有太大问题的。
生殖器疱疹的症状主要是水疱和溃疡，水疱是生殖器疱疹的早期表现，当初发或者复发的时候首先表现为局部的红斑，红斑的基础上出现一些比较亮晶晶的、比较壁薄的、容易破损的水疱。
生殖器疱疹是由于病毒引起的，这种病有一个最大的特点，就是有一定的自限性，有些时候不经过治疗，病情也会出现好转的现象，病灶部位的皮肤不痛不痒的，看上去就跟好了一样。其实这是一种假象，如果不坚持治疗，生殖器疱疹会复发的。即使是病灶部位没有什么感觉，也要继续治疗，可以口服药物，可以施用手术治疗，也可以进行激光治疗等，最重要的是从饮食上进行调节，如果不提高自身的免疫力，病情会反复发作的。