包皮长水泡，伴随疼痛，有可能是细菌感染导致的炎症，或者是病毒感染引起的疱疹，可以去医院做一些相关的检查，明确病因之后，及时对症治疗。平时要注意不要有不洁的性行为。
由于没有看到具体情况，无法给出明确的判断，不排除有，生殖器疱疹的可能。最近有没有不洁性生活史，如果有这种，可能是很大的，所以去当地医院泌尿外科看一下，明确诊断之后再进行下一步治疗。
阴茎内包皮里长了个针孔大的小水泡。如果没有什么症状，也就这么一个继续观察一下，保持阴部清洁，每天用清水清洗一次，清洗时要翻开包皮清洗龟头冠状沟，如果有痒痛症状又有不洁的性生活，是不能排除感染疱疹病毒的。淋球菌感染通常会有脓性分泌物，支原体检测包括人型和解脲原体，这是一组的都需要检测。
包皮长水泡可以用以下几种方式治疗，第一种，考虑是生殖器疱疹引起的，主要是由于不洁的性交导致的，建议用药物，可以有效到控制病情；第二种，包皮龟头炎导致的，包皮龟头炎是最为常见的一种泌尿生殖系统疾病，可以口服消炎的药物进行治疗。
应该是生殖器疱疹。生殖器疱疹即发生于生殖器部位的单纯疱疹，是病毒性传染性皮肤疾病，中医属于热疮的范畴。与发生于口角处的单纯疱疹不同，绝大多数通过性关系传染。据有关报道，国外性活跃的青年患生殖器疱疹的很多，发病率甚至高于梅毒、淋病。