生殖器疱疹和梅毒二者感染的病原体不同，前者是疱疹病毒感染，后者是梅毒螺旋体感染。梅毒分为三个阶段，一期梅毒，这是硬下疳不痛不痒的硬疙瘩，第二期梅毒就是皮肤位置得梅毒疹不高出皮肤表面，三期梅毒就是组织器官的损伤。而疱疹主要就是单纯疱疹，生殖器的疱疹。小水泡比较密集的。
梅毒是新传播疾病，是由于梅毒螺旋体杆菌感染导致的症状，梅毒一期表现为硬下疳，二期表现为梅毒疹。汗疱疹是湿疹的一种，又称出汗障碍疹，为一种手掌、足跖部的水疱性疾患。可能是由于手足多汗、这个汗液不能排除有关系的。
梅毒跟生殖器疱疹是有很大的区别的，表面上也有一些区别梅毒主要的表现是硬下疳，一般无自觉症状，会有分泌物，大多数是单发，偶见2～3个，生殖器疱疹是多发，起初是红疹，后为，小水泡，会破溃糜烂。伴有灼烧感。梅毒的危害远比生殖器疱疹要严重。
疱疹是开始的时候去簇集性的小水泡，之后会破溃糜烂，然后愈合，可伴有疼痛或者瘙痒，疱疹可复发的。梅毒一期开始也是红斑丘疹，之后破溃形成无痛性的溃疡，溃疡面有湿润较明显，摸起来是软骨样硬度，之后自愈，然后梅毒一期还有硬化性淋巴结炎，这在腹股沟比较明显。
梅毒和生殖器疱疹虽然都是性病，但是是由不同的病原体感染引起的，梅毒是由苍白螺旋体引起的一种性传播性疾病，多见于性活跃的男女，生殖器疱疹由单纯疱疹病毒感染所引起。