阴茎上的皮肤突然出现小水泡，并且为簇集性分布，伴有灼热、疼痛感觉，考虑为生殖器疱疹，生殖器疱疹为性传播疾病，主要是发生在不洁性生活之后，潜伏期一般为3到5天的时间，是比较短的。
主要有可能是由于局部的皮肤有感染，如果没有不良的性生活时，应该可以排除是性病，注意局部的皮肤清洁卫生，可以用硫磺洗剂清洗局部的皮肤，还可以涂软膏，具体用药请遵医嘱。
生殖器上长水泡可能是龟头炎和生殖器疱疹引起的，在疱疹早期发病的时候，患处会有一些红斑、丘疹、水泡，数个或更多个，继可成为脓疱、糜烂或溃疡。伴有瘙痒或疼痛。至少持续l周-2周后，损害结痴、愈合。一般3周-4周皮损消退，但可发生新的损害。不管是龟头炎还是生殖器疱疹都应及时去当地正规医院选择科学的方法及时治疗，以免病情恶化。平时也多应该注意局部卫生，勤洗澡勤换衣，不抽烟、不酗酒、养成良好的生活习惯。
包皮上出现长水泡，是平时不注意卫生或者病毒真菌感染，都可以导致局部出现炎症，再到当地医院确诊一下，如果是炎症引起的，可以适当应用抗生素软膏进行局部外涂治疗，与局部出现生殖器炎症有关系。
有珍珠疹等病患的可能，珍珠疹的病因尚不明确，无明显症状，也不具有传染性，可以到医院就诊检查以明确诊断，如诊断为珍珠疹可无需特殊治疗，保持清洁卫生即可，也可考虑进行激光治疗，如有包皮过长，可进行包皮环切手术治疗。
包皮出现水泡，有可能跟平时不注意个人卫生或者不勤换内裤等原因导致炎症感染有关。可以采用消炎药膏涂抹进行治疗，具体用药谨遵医嘱，平时要注意个人卫生，注意勤清洗，饮食尽量清淡合理为主。