药物治疗：根据患者的病症不同，选择不同的药物来治疗。如继发细菌感染，应酌用抗生素。若疼痛剧烈时可予以止痛剂。用抗病毒药物长期抑制治疗，但药物价格较昂贵，患者可以口服中药进行治疗。也可以手术治疗。
一般药物很难抑制，生殖器疱疹的复发率很高，西医叫不治之症。中医中药长期临床实践积累了很多独特的治疗方法，主要是要把体内的HSV病毒完全清除掉才行，要不能几个月以后又会导致复发。
诊断方法：生殖器疱疹在生殖器上有群簇或散在的小水疱，后破溃形成糜烂或溃疡，自觉疼痛。从皮损处取标本作病毒培养，发现有单纯疱疹病毒和细胞病变。通过聚合酶链反应（PCR）等方法检测HSV-2核酸。
生殖器疱疹是一种传染性极强，复发率极高，临床难治的性传播疾病，虽然是一种顽疾，但并非不治之症。治疗难点在于彻底杀毒，不留后遗症。西药起效比较快，可缓解或改善生殖器疱疹的不适症状。对重度的生殖器疱疹，尤其是反复发作、久治不愈的症状，光吃这些药基本无用。目前通过单纯性服用中药治疗生殖器疱疹较少见，通常仅用于辅助治疗，诸如一些清热解毒的中成药或草药，对临床不适症状的缓解有一定帮助。
生殖器疱疹会造成局部的水疱、疼痛、糜烂，局部的淋巴结肿大。生殖器疱疹，可以引起播散性疱疹，脑膜炎，前列腺炎，直肠炎，盆腔炎，脊髓神经根疾病等一系列的并发症。生殖器疱疹常与其他性传播疾病，比如淋病，非淋菌性尿道炎，梅毒尖锐湿疣，等混合感染。生殖器疱疹还可以导致人工流产后不孕症以及男性不育症。孕妇生殖器疱疹可引起子宫内的感染和新生儿的感染。建议大家一定要养成良好的生活习惯，注意性生活的卫生，勤洗私处，勤换内裤，症状严重时要及时到医院就诊治疗。
男性治生殖器疱疹的方法主要就是抗病毒处理治疗，另一方面就是配合一些中药清热利湿解毒治疗。早发现早点去处理的，而且可以引起性伴侣的一个感染的时间久可以迁延不愈的，治疗期间应该注意饮食。
